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2019 年度 研究成果報告書

パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究

研究課題

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研究課題/領域番号 17K00397
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関東京大学

研究代表者

中井 謙太  東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
キーワード細胞種特異的エンハンサー / Hi-Cデータ解析 / A/Bコンパートメント / グラフ畳み込みネットワーク / B細胞リンパ腫
研究成果の概要

本研究では真核生物の組織特異的発現に重要と考えられているエンハンサーについて、その特異性制御機構と標的遺伝子群を、主にゲノム配列情報から理解することを目指した。異なる細胞種に対する Hi-Cデータを再解析・相互比較することで、細胞の種類によって TADやA/B コンパートメント等が変化した領域の遺伝子発現の特異性を調べた。その結果、B細胞とそのリンパ腫などの間に、興味深い機能的相関を観察した。

自由記述の分野

ゲノム情報科学

研究成果の学術的意義や社会的意義

塩基配列決定技術の進歩により、個人間のゲノムの差(多型)やがん組織中の個々の細胞内ゲノム変異分布等の情報が次々に産出されており、いわゆるパーソナルゲノム医療への応用が期待されている。しかし、転写制御領域に関する我々の理解が不十分なため、 これらを含む非コード領域中の多型や変異の及ぼす影響を見積もることは難しい。本研究は染色体構造の細胞による変化などをもとに転写制御の仕組みを研究し、いくつかの新しい報告を行った。

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公開日: 2021-02-19  

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