テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択のバイオインフォマティクスへの応用

2019 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17K00417
• 研究機関: 中央大学
• 研究代表者: 田口 善弘 中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• キーワード: テンソル分解 / 教師無し学習 / ＡＩ創薬 / エピジェネティクス

研究実績の概要

２０１９年度は２０１７年度、２０１８年度に続いて、テンソル分解をもちいた教師無し学習による変数選択をさまざまなトピック氏に応用した研究について発表した。２０１９年８月には中国南昌市で開催されたＩＣＩＣ２０１９に於いて同法のマルチオミックスデータ解析の応用について発表した。同年９月には同法についての英文書籍（単著）をシュプリンガー社から刊行した。また、ヒトとマウスの中脳の発生過程の一細胞RNA-seqに対する研究論文を刊行した。同年１０月にはワールドサイエンティフィック社から出版された学術書に同法についての一章を寄稿した。また、同年１２月には一細胞RNA-seqのデータを解析して、アルツハイマー病のＡＩ創薬の論文を刊行した。

研究成果

• [国際共同研究] IIT Madras(インド)
  • 国名: インド
  • 外国機関名: IIT Madras
• [国際共同研究] King Abdulaziz University(サウジアラビア)
  • 国名: サウジアラビア
  • 外国機関名: King Abdulaziz University
• [雑誌論文] Neurological Disorder Drug Discovery from Gene Expression with Tensor Decomposition (2020)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • 雑誌名: Current Pharmaceutical Design 巻: 25 ページ: 4589～4599
  • DOI: 10.2174/1381612825666191210160906
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Identifying suitable tools for variant detection and differential gene expression using RNA-seq data (2020)
  • 著者名/発表者名: Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-H.、Gromiha M. Michael
  • 雑誌名: Genomics 巻: 112 ページ: 2166～2172
  • DOI: 10.1016/j.ygeno.2019.12.011
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Development of a novel anti-hepatitis B virus agent via Sp1 (2020)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa Michiyo、Umeyama Hideaki、Iwadate Mitsuo、Taguchi Y.-H.、Yano Yoshihiko、Honda Takashi、Itami-Matsumoto Saori、Kozuka Ritsuzo、Enomoto Masaru、Tamori Akihiro、Kawada Norifumi、Murakami Yoshiki
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 ページ: 47
  • DOI: 10.1038/s41598-019-56842-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Exploring the selective vulnerability in Alzheimer disease using tissue specific variant analysis (2019)
  • 著者名/発表者名: Akila Parvathy Dharshini S.、Taguchi Y-h.、Michael Gromiha M.
  • 雑誌名: Genomics 巻: 111 ページ: 936～949
  • DOI: 10.1016/j.ygeno.2018.05.024
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Machine learning algorithms for predicting drugs?tissues relationships (2019)
  • 著者名/発表者名: Turki Turki、Taguchi Y-h.
  • 雑誌名: Expert Systems with Applications 巻: 127 ページ: 167～186
  • DOI: 10.1016/j.eswa.2019.02.013
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Multiomics Data Analysis Using Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction (2019)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.
  • 雑誌名: Intelligent Computing Theories and Application 巻: 1 ページ: 565～574
  • DOI: 10.1007/978-3-030-26763-6_54
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis (2019)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics 巻: 10 ページ: 864
  • DOI: 10.3389/fgene.2019.00864
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Discovery of a Robust Gene Regulatory Network with a Complex Transcription Factor Network on Organ Cancer Cell-line RNA Sequence Data (2019)
  • 著者名/発表者名: Kalbuaji Bharata、Taguchi Y-H.、Konagaya Akihiko
  • 雑誌名: Chem-Bio Informatics Journal 巻: 19 ページ: 32～55
  • DOI: 10.1273/cbij.19.32
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics (2019)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.
  • 雑誌名: Application of Omics, AI and Blockchain in Bioinformatics Research 巻: 1 ページ: 159～187
  • DOI: 10.1142/9789811203589_0010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Investigating the energy crisis in Alzheimer disease using transcriptome study (2019)
  • 著者名/発表者名: Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-h.、Gromiha M. Michael
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 9 ページ: 18509
  • DOI: 10.1038/s41598-019-54782-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] Sp1を標的としたHBVウィルスの新規阻害剤の探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 早川 路代 , 梅山 秀明 , 岩舘 満雄 , 田口 善弘 , 村上 善基
  • 学会等名: 情報処理学会第61回BIO研究発表会
• [学会発表] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法の一細胞RNA-seq解析への応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 学会等名: 電子情報通信学会情報論的学習理論と機械学習 (IBISML) 研究会
• [学会発表] Multiomics Data Analysis Using Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction (2019)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.
  • 学会等名: International Conference on Intelligent Computing
  • 国際学会
• [学会発表] バイオインフォマティクスと倫理・社会 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 学会等名: 電子情報通信学会技術と社会・倫理研究会
  • 招待講演
• [学会発表] テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法のＴＣＧＡデータベースにおける卵巣がんデータのmicroRNA発現プロファイルとメチル化プロファイルへの適用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘 , 呉 家樂
  • 学会等名: 情報処理学会第60回BIO研究発表会
• [学会発表] テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択はMicroRNAトランスフェクションにより仲介されるmRNAの配列非特異的オフターゲット調節の普遍的性質を同定することができる (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 学会等名: 情報処理学会第59回BIO研究発表会
• [学会発表] テンソル分解と主成分分解を用いた教師なし学習による社会性昆虫のカーストの脳の遺伝子発現プロファイルとDNAメチル化の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 学会等名: 情報処理学会第58回BIO研究発表会
• [図書] Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics: A PCA Based and TD Based Approach (2019)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 総ページ数: 321
  • 出版者: Springer International
  • ISBN: 978-3-030-22455-4
• [図書] Regulatory microRNA (2019)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, Hsiuying Wang
  • 総ページ数: 348
  • 出版者: MDPI
  • ISBN: 978-3-03897-769-8