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2019 年度 実施状況報告書

電離放射線により誘発されるDNA鎖切断の生成に係る水和水分子の役割の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K00564
研究機関国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構

研究代表者

藤井 健太郎  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 次世代放射光施設整備開発センター, 上席研究員(定常) (00360404)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
キーワード水和 / デオキシリボース / 中性種の脱離
研究実績の概要

ごく最近Herve du Penhoatらは、DFT-MDシミュレーションの結果から、水和したデオキシリボース(dR)分子に対して酸素K殻イオン化を行った場合、五員環内の酸素原子が中性の状態で脱離する可能性を見出した(Herve du Penhoat et. al., Quantum Beam Science, 3 (2019) 24)。2019年度は、上記の中性脱離が観測されるかどうかを検証するため、酸素K殻イオン化を行うことのできる560 eVの軟X線を水和したデオキシリボースの表面に照射し、照射中に試料から脱離する中性種を残留ガス質量分析器(RGA100(SRS社製))により検出した。軟X線照射中は測定チャンバーの真空度の悪化が見られ、残留ガスとして何らかの脱離種が観測されることが期待されたが、乾燥dR膜と水和dR膜とで脱離種の質量スペクトルを比較した結果、顕著な違いは見られなかった。この原因として、1)水和による脱離種の変化が測定限界以下であること。2)真空計では何らかの脱離種は観測されるものの、質量分析器の検出器に到達するほど寿命が長くはない。今回、中性脱離種としては検出できなかったものの、これまでの実験において軟X線吸収スペクトル[K. Fujii and A. Yokoya, AIP Conf. Proc. 2054 (2019) 040005. ]や脱離イオン種[K. Fujii, et al., Rad. Res. 189 (2018) 264-279.]の違いは見られていることから、引き続き中性脱離種の観測を進める予定である。その際、試料表面からの脱離種は表面正清浄性に極めて敏感なことから、試料表面のクリーニングについても細心の注意を払い実験を行う予定である。2020年度は2019年度の出張経費の削減にょり繰り越しが可能になったため、脱離実験の最適化や軟X線吸収スペクトルの測定などからDFT-MDシミュレーションによって予想された結果の検証を行う。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2019年度4月より所内の配置換えにより、本務遂行地が播磨地区SPring8に変更になり、放射光実験を行うための実験に要する出張の必要がなくなった。そのため、出張経費を大幅に削減することができた。DFT-MDシミュレーションが先行して脱離種の予想を行うことができたことは本課題にとっても大きな進展であり、2019年度は中性脱離の実験にめどが立ったが、水和試料からの中性脱離種の生成を検出するには至らなかった。2020年度に繰り越した資金を活用して、上記の実験を引き続き行う予定である。

今後の研究の推進方策

今回、中性脱離種としては検出できなかったものの、これまでの実験において軟X線吸収スペクトル[K. Fujii and A. Yokoya, AIP Conf. Proc. 2054 (2019) 040005. ]や脱離イオン種[K. Fujii, et al., Rad. Res. 189 (2018) 264-279.]の違いは見られていることから、引き続き中性脱離種の観測を進める予定である。その際、試料表面からの脱離種は表面正清浄性に極めて敏感なことから、試料表面のクリーニングについても細心の注意を払い実験を行う予定である。

次年度使用額が生じた理由

機構内の配置換えに伴い主たる拠点が播磨放射光施設になったため、当初予定していた出張を行う必要がなくなった。そのため出張費が大幅に削減することができたため、次年度に繰り越しを行い、当初予定していた実験の再現性やより精度の高い実験データを得るための試薬や解析機器等に充てる。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] Piere Marie Curie University/Essonne University(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Piere Marie Curie University/Essonne University
  • [雑誌論文] Hydration of Nucleobase as Probed by Electron Emission of Uridine-5’-Mono-Phosphate (UMP) in Aqueous Solution Induced by Nitrogen K-Shell Ionization2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuaki Takeda, Hiroyuki Shimada, Ryosuke Miura, Masatoshi Ukai, Kentaro Fujii, Yoshihiro Fukuda, Yuji Saitoh
    • 雑誌名

      Quantum Beam Science

      巻: 4 ページ: 10-1-10

    • DOI

      10.3390/qubs4010010

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 放射線によるアデノシン三リン酸分子変異によって誘発される生物学的効果2020

    • 著者名/発表者名
      藤井 健太郎, 加藤 大, 藤井 紳一郎, 月本 光俊, 秋光 信佳
    • 雑誌名

      X線分析の進歩

      巻: 51 ページ: 251-259

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ab Initio Molecular Dynamics Simulations to Interpret the Molecular Fragmentation Induced in Deoxyribose by Synchrotron Soft X-Rays2019

    • 著者名/発表者名
      Marie-Anne Herve du Penhoat, Anis Hamila, Marie-Pierre Gaigeot, Rodolphe Vuilleumier , Kentaro Fujii, Akinari Yokoya
    • 雑誌名

      Quanum Beam Science

      巻: 3 ページ: 24-1-14

    • DOI

      10.3390/qubs3040024

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Physical Process of Radiation Damage to DNA utilizing Soft X-ray Spectroscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Fujii, Akinari Yokoya, M-A. Herve du Penhoat, M-F. Politis
    • 学会等名
      The international workshop for synergetic collaboration between material and synchrotron science through IMR-MAX IV joint research
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Physical Process of DNA Strand Breakages by Ionizing Radiations utilizing Synchrotron Soft X-ray Spectroscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Fujii, Akinari Yokoya, M-A. Herve du Penhoat, M-F. Politis
    • 学会等名
      The 8th International Symposium of Gunma University Initiative for Advanced Research
    • 国際学会
  • [学会発表] Physical Process of DNA Strand Breakage induced by Core-Electron Ionization2019

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Fujii, 藤井 健太郎, Akinari Yokoya, 横谷 明徳, Marie-Anne Herve du Penhoat, Marie-Francoise Politis
    • 学会等名
      International Young Researchers Workshop on Synchrotron Radiation Science
    • 国際学会
  • [学会発表] 軟X線を用いたDNA損傷生成過程の研究2019

    • 著者名/発表者名
      藤井 健太郎
    • 学会等名
      第25回HiSOR研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Physical Process of DNA Strand Breakage induced by Ionizing Radiations2019

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Fujii, Akinari Yokoya, Marie-Anne Herve du Penhoat, Marie-Francoise Politis
    • 学会等名
      International Conference on Materials and System for Sustainability
    • 国際学会
  • [学会発表] 放射光軟X線分光を用いた電離放射線誘発DNA主鎖切断の物理過程の観測2019

    • 著者名/発表者名
      藤井 健太郎, 横谷 明徳, Marie-Anne Herve du Penhoat, Marie-Francoise Politis
    • 学会等名
      量子生命科学会 第1回大会
  • [学会発表] Fragmentation of Doubly-Ionized Deoxyribose2019

    • 著者名/発表者名
      M-A. Herve du Penhoat, A. Souchaud, R. Vuilleumier, M-P. Gaigeot, Kentaro Fujii, Akinari Yokoya, M-F. Politis
    • 学会等名
      International Congress of Radiation Research 2019
    • 国際学会

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公開日: 2021-01-27  

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