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本研究では，標的RNA依存的にRNase Hにより切断され，蛍光シグナルが蓄積して増幅されることにより，微量のmRNAを検出する新規プローブを開発することを目的とする。作製するプローブ配列は，AU塩基対９個からなるステム＆ループ構造をとり，標的配列が存在しない場合はDNA部分と2’-Oメチル化されたRNAが対合してRNase Hにより切断されないようにする。標的配列に相補的な配列を両端に付加し，さらにステム形成のためのクランプ配列を付加する。5’末端をFITC，3’末端をそのクエンチャーでラベルし，モレキュラービーコン型構造とする。標的配列が存在する場合は，標的配列に相補的な部分と塩基対を形成し，ステム部分の塩基対がずれてDNA部分と非修飾RNAが対合してRNase Hにより切断されるようになると期待される。
UA塩基対をAU塩基対間に導入することにより塩基対のずれを防止したプローブ3では，ターゲットRNAを1:1で加えた場合はRNase Hによる切断が見られたが，加えるターゲット量をプローブの1/10にした場合にはプローブのターンオーバーは見られなかった。ターンオーバーしやすくするために，プローブ3の5’側と3’側の鎖長を1塩基ずつ短くしたプローブ４を作製し，加えるターゲット量をプローブの1/10にした場合，プローブ3の場合と比較してプローブ４では切断断片の顕著な増加が見られた。さらに，ターゲットの5’側と3’側を1塩基ずつ短くしたターゲットを用いて，プローブ４に対して1/10量加えてRNase Hによる切断を行ったところ，加えたプローブがすべて切断された。したがって，プローブがターンオーバーし，少量のターゲットRNAを増幅的に検出することに成功した。
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