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2018 年度 実施状況報告書

核酸四重鎖のトポロジーで支配される細胞内機能の解明と制御

研究課題

研究課題/領域番号 17K01968
研究機関甲南大学

研究代表者

高橋 俊太郎  甲南大学, 先端生命工学研究所, 講師 (40456257)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
キーワード酸化ストレス / グアニン四重鎖 / 人工核酸 / リガンド
研究実績の概要

本研究の目的は核酸四重鎖構造のトポロジーの細胞内での役割を物理化学的解析を通して理解することである。2018年度は四重鎖構造の複製反応に対する化学的要因について検討した。まず、グアニン四重鎖形成配列中のグアニン塩基が酸化された場合の影響を検討した。がん遺伝子と知られるVEGF遺伝子のプロモーター配列由来のグアニン四重鎖形成配列について、グアニン塩基の1つを8-oxoグアニンに置き換えたところ、四重鎖構造の不安定化と、トポロジーの変化が観察された。その結果、複製反応の阻害効果が大幅に低下した。さらに、リガンド分子による四重鎖の複製に対する化学的制御にも取り組んだ。前述の酸化したグアニン塩基を持つグアニン四重差に対し、グアニン四重鎖のリガンドであるピレンを5’末端に有する3塩基のグアニンが連続する人工核酸を添加したところ、酸化されたグアニン塩基と置き換わるように相互作用した。形成した四重鎖は、酸化されていない天然型と同等の安定性とトポロジーを示した。以上から、化学的要因によって四重鎖の安定性やトポロジーが変化する事で複製反応の制御機構が影響を受け、また人為的に化学制御できることを示すことに成功した。この成果は2018年度に論文発表し(Takahashi et al., JACS, 2018)、新聞記事として取りあげられた。さらに上記の人工核酸の効果をより詳細に検討することで、リガンドが相互作用する四重鎖の位置によっても四重鎖の複製阻害効果が異なることを見出した(Takahashi et al., Molecules, 2018)。これらの結果は、小分子化合物やタンパク質などが四重鎖のトポロジーに依存した相互作用を行うことで複製反応を制御していることを示唆しており、得られた知見は次年度以降行う小分子やタンパク質の影響に関する研究推進に役立てる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2018年度はリガンドを用いて四重鎖のトポロジーに依存する複製反応の化学的制御に関する研究を進め、論文発表することができた。小分子化合物やタンパク質による複製反応の影響の検討を始めており、研究が順調に進展している。

今後の研究の推進方策

2019年度は現在進めている特定の四重鎖構造を認識する低分子リガンドの探索と、その四重鎖トポロジーと複製反応に与える影響を引き続き解析する。四重鎖構造の安定性と複製効率の変化を指標に、特定の四重鎖トポロジーに結合するリガンドを探索する。低分子リガンドとしてナフタレンジイミド化合物をベースに検討する。様々な修飾を施したナフタレンジイミド化合物と四重鎖構造との相互作用を安定性、CDスペクトル解析、およびNMR解析によって評価する。これらの四重鎖構造に関するデータと複製反応の効率を定量的に比べることで、低分子リガンドによる四重鎖のトポロジー依存的な複製反応制御のメカニズムを解析する。

次年度使用額が生じた理由

年度末に発注予定であった合成DNAが不要になったため次年度使用額が生じた。生じた使用額は、次年度、合成DNAを再注文した際に使用する予定である。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 3件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] University of Calcutta(インド)

    • 国名
      インド
    • 外国機関名
      University of Calcutta
  • [国際共同研究] POSTECH(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      POSTECH
  • [国際共同研究] The Russian Academy of Sciences(ロシア連邦)

    • 国名
      ロシア連邦
    • 外国機関名
      The Russian Academy of Sciences
  • [国際共同研究] Slovenian NMR Center(スロベニア)

    • 国名
      スロベニア
    • 外国機関名
      Slovenian NMR Center
  • [雑誌論文] 分子夾雑系の生命化学(2)-遺伝子発現のデジタル挙動とアナログ挙動-2019

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 杉本直己
    • 雑誌名

      現代化学(化学同人)

      巻: 575 ページ: 34-38

  • [雑誌論文] Bisubstrate Function of RNA Polymerases Triggered by Molecular Crowding Conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Okura Hiromichi、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 58 ページ: 1081~1093

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b01204

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Lighting Up of Thiazole Orange on G-Quadruplex DNA by High Pressure2019

    • 著者名/発表者名
      Bhowmik Sudipta、Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 4 ページ: 4325~4329

    • DOI

      10.1021/acsomega.8b03430

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of Intracellular Crowding Environments with Topology-Based DNA Quadruplex Sensors2019

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Yamamoto Johtaro、Kitamura Akira、Kinjo Masataka、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 91 ページ: 2586~2590

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.8b04177

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Design and Properties of Ligand-Conjugated Guanine Oligonucleotides for Recovery of Mutated G-Quadruplexes2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Chelobanov Boris、Kim Ki、Kim Byeang、Stetsenko Dmitry、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 ページ: 3228~3228

    • DOI

      10.3390/molecules23123228

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Recovery of the Formation and Function of Oxidized G-Quadruplexes by a Pyrene-Modified Guanine Tract2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Kim Ki Tae、Podbevsek Peter、Plavec Janez、Kim Byeang Hyean、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 140 ページ: 5774~5783

    • DOI

      10.1021/jacs.8b01577

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (48) :Imaging of crowding in cells by using guanine-quadruplex DNA2019

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, J. Yamamoto, A. Kitamura, M. Kinjo, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第99回春季年会(2019)
  • [学会発表] グアニン四重鎖リガンドのトポロジー依存的結合様式によるDNA複製反応の制御2018

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, Bhowmik Sudipta, Chang Ta-Cha, 佐藤しのぶ, 竹中繁織, 杉本直己
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] リガンド複合型核酸マテリアルによる塩基損傷を受けたグアニン四重鎖の機能回復2018

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, Kim Byeang Hyean, Stetsenko Dmitry, Plavec Janez,杉本直己
    • 学会等名
      第67回高分子討論会
  • [学会発表] Analysis of structural dynamics of RNA aptamer using high pressure2018

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, T. Endoh, A. B. Rode, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 10th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural dynamics of RNA aptamer analyzed by volumetric approach2018

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, T. Endoh, A. B. Rode, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids "ANNA2018"
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Transformation of selective i-motif DNAs into hairpin-like structures induced by a flavonoid compound2018

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Bhowmik, S. Ghosh, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      第45回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会

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公開日: 2019-12-27  

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