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これまでに作成した統計表を分析するとともに、分析の過程で不足が判明した統計表を新たに作成することにより、報告書の作成を行った。報告書の概要は次のとおりである。
第1章研究の背景と目的（活動実態を的確に示す客観的なデータがない中での制度改革の推進を踏まえ、公益法人、社会福祉法人及び学校法人の活動実態を他の経済主体と比較できる形式で示す統計データの整備を目的とし、このため業務記録と経済センサスを用いて完全照合データを作成し集計する。）。 第2章業務記録と経済センサスとの照合作業の手順と照合結果（公益法人、社会福祉法人及び学校法人について、業務記録と経済センサスを用いた完全照合作業の手順を示し、照合率を示す。）。 第3章公益法人、社会福祉法人及び学校法人のパネルデータ作成の手順と結果（第2章で示した作成データについて、平成24年、平成26年、平成28年のデータを接合したパネルデータの作成手法と作成されたパネルデータの数を示す。）。第4章平成28年調査結果からみる公益法人、社会福祉法人及び学校法人の活動実態（平成28年における活動実態を分析）。第5章公益法人のパネルデータの分析（平成24年から平成28年にかけての活動実態を分析）。第6章資産記入のある公益法人のパネルデータの分析（平成24年から平成28年にかけての資産額、負債額、寄附金額の動向を分析）。第7章社会福祉法人のパネルデータの分析（平成24年から平成28年にかけての活動実態を分析）。第8章学校法人のパネルデータの分析（平成24年から平成28年にかけての活動実態を分析）。
第9章分析結果のまとめ（以上の分析を踏まえて、公益法人、社会福祉法人及び学校法人の活動実態の比較を行いそれぞれの非営利法人の特徴を示すとともに、公益法人改革を経た公益法人の活動実態の推移を示した。）。
資料編として作成した統計表（60表）を収録した。
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