がんゲノム医療に向けたクリニカルシークエンスの変異解析パイプライン開発

2019 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17K07250
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 上野 敏秀 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 研究員 (40381446)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• キーワード: バイオインフォマティクス / ゲノム医療 / 二次がん

研究実績の概要

がん原因遺伝子を標的とした抗がん剤・分子標的治療が開発され、遺伝子レベルで患者一人ひとりに最適な治療薬を選択する個別化医療の時代が到来した。しかし、ゲノム医療を受けるには、標準治療が終了した場合など制約がある。その制約の中には、同種造血幹細胞移植歴もしくは臓器移植歴を有する患者は検査を推奨されない、という項目があるが、これは体細胞変異検出とその評価が難しいという検査側の事情であると鑑みられる。移植歴患者であってもゲノム医療を受けれるような解析方法をバイオインフォマティクスの立場から試みる。
急性骨髄性白血病のため同種造血幹細胞移植を行い、その後大腸がん（二次がん）を患った患者検体（大腸がん腫瘍部とその周辺正常部）と移植したドナー検体について、まずは移植後検体においてドナー検体の混入率推定を行った。ドナー検体の混入率推定が可能になると、移植後に発生した疾患の起源を推測するのに役立つ。「レシピエント検体でアレル頻度0～5%、ドナー検体でアレル頻度95～100%の1000人ゲノムSNP箇所」を抽出し、それらの箇所において移植後二次がん検体（正常部・腫瘍部）のアレル頻度を求めその平均により算出した。すると、例えば一つの検体で行ったアレル頻度のヒストグラムでは、移植後二次がん腫瘍部検体で14.8%、正常部で29.1%の割合でドナーの混入が推測された。このようなドナー混入率の観点からスクリーニングを行うと、ドナー混入率は10～40%ほどの検体が多いが、中には混入率が著しく異なる例が見られた（腫瘍部：67.0%、正常部：21.8%）。そのような検体においては「ドナー由来のクローンによるものなのか」、「採取した検体のリンパ球の割合の差なのか」を注意深く検討し、疾患原因となる変異検出を目指す。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of Novel CD74-NRG2α Fusion From Comprehensive Profiling of Lung Adenocarcinoma in Japanese Never or Light Smokers (2020)
  • 著者名/発表者名: Kohsaka Shinji、Hayashi Takuo、Nagano Masaaki、Ueno Toshihide、Kojima Shinya、Kawazu Masahito、Shiraishi Yuichi、Kishikawa Satsuki、Suehara Yoshiyuki、Takahashi Fumiyuki、Takahashi Kazuhisa、Suzuki Kenji、Takamochi Kazuya、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Journal of Thoracic Oncology 巻: S1556-0864 ページ: 30098-8
  • DOI: 10.1016/j.jtho.2020.01.021
  • 査読あり
• [雑誌論文] Uterine adenomyosis is an oligoclonal disorder associated with KRAS mutations (2019)
  • 著者名/発表者名: Inoue S, Hirota Y, Ueno T, Fukui Y, Yoshida E, Hayashi T, Kojima S, Takeyama R, Hashimoto T, Kiyono T, Ikemura M, Taguchi A, Tanaka T, Tanaka Y, Sakata S, Takeuchi K, Muraoka A, Osuka S, Saito T, Oda K, Osuga Y, Terao Y, Kawazu M, Mano H
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 10 ページ: 5785
  • DOI: 10.1038/s41467-019-13708-y
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mucin 21 is a key molecule involved in the incohesive growth pattern in lung adenocarcinoma (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshimoto Taichiro、Matsubara Daisuke、Soda Manabu、Ueno Toshihide、Amano Yusuke、Kihara Atsushi、Sakatani Takashi、Nakano Tomoyuki、Shibano Tomoki、Endo Shunsuke、Hagiwara Koichi、Fukayama Masashi、Denda‐Nagai Kaori、Irimura Tatsuro、Mano Hiroyuki、Niki Toshiro
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 ページ: 3006～3011
  • DOI: 10.1111/cas.14129
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic profiles of colorectal carcinoma with liver metastases and newly identified fusion genes (2019)
  • 著者名/発表者名: Oga Takafumi、Yamashita Yoshihiro、Soda Manabu、Kojima Shinya、Ueno Toshihide、Kawazu Masahito、Suzuki Nobuaki、Nagano Hiroaki、Hazama Shoichi、Izumiya Masashi、Koike Kazuhiko、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 ページ: 2973～2981
  • DOI: 10.1111/cas.14127
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of candidates for driver oncogenes in scirrhous‐type gastric cancer cell lines (2019)
  • 著者名/発表者名: Sai Eirin、Miwa Yoshiyuki、Takeyama Reina、Kojima Shinya、Ueno Toshihide、Yashiro Masakazu、Seto Yasuyuki、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 ページ: 2643-2651
  • DOI: 10.1111/cas.14111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detection of circulating sarcoma tumor cells using a microfluidic chip-type cell sorter (2019)
  • 著者名/発表者名: Hasegawa Nobuhiko、Takeda Nakamura Ikuko、Ueno Toshihide、Kojima Shinya、Kawazu Masahito、Akaike Keisuke、Okubo Taketo、Takagi Tatsuya、Suehara Yoshiyuki、Hayashi Takuo、Saito Tsuyoshi、Kaneko Kazuo、Mano Hiroyuki、Kohsaka Shinji
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 9 ページ: 20047
  • DOI: 10.1038/s41598-019-56377-z
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activation of insulin‐like growth factor‐1 receptor confers acquired resistance to osimertinib in non‐small cell lung cancer with EGFR T790M mutation (2019)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa D, Takahashi F, Mitsuishi Y, Tajima K, Hidayat M, Winardi W, Ihara H, Kanamori K, Matsumoto N, Asao T, Ko R, Shukuya T, Takamochi K, Hayashi T, Suehara Y, Takeda Nakamura I, Ueno T, Kohsaka S, Mano H, Takahashi K
  • 雑誌名: Thoracic Cancer 巻: 11 ページ: 140～149
  • DOI: 10.1111/1759-7714.13255
  • 査読あり