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2019 年度 研究成果報告書

C4草本植物ソルガムの転写関連データベースの構築とその応用

研究課題

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研究課題/領域番号 17K07265
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 システムゲノム科学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

蒔田 由布子  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (80443026)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
キーワードトランスクリプトーム / ソルガム / RNA-seq / CAGE / gDB-seq / C4草本植物 / データベース
研究成果の概要

ソルガムは世界五大穀物の一つであり、環境ストレスにも強いため、バイオエタノール生産植物として注目されている。ゲノム配列以外の情報リソースに不足しており、高糖性・高バイオマス研究への応用や、環境ストレス耐性メカニズムの解明のための情報基盤整備として、ソルガムのデータベースを更新した。本課題では、糖蓄積器官の異なる2系統の発現比較を行なうことで、品種間の発現量、転写制御の比較を進めた。複数のトランスクリプトーム解析手法を組み合わせることで、効率的に糖・デンプン合成遺伝子群の転写ネットワークの解析を進め、MOROKOSHI(http://sorghum.riken.jp)を通じて結果を公開している。

自由記述の分野

植物インフォマティクス

研究成果の学術的意義や社会的意義

ソルガムは世界五大穀物の一つであり、環境ストレスにも強いため、バイオエタノール生産植物として注目されている。ゲノム配列は公開されているものの、それ以外のリソースに著しく不足している。そこで高糖性・高バイオマス研究への応用や、環境ストレス耐性メカニズムの解明のためのリソース整備として、ソルガムのトランスクリプトーム情報基盤の整備・公開を行なう。
本研究では特に、糖蓄積器官の異なる2系統の発現比較を行

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公開日: 2021-02-19  

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