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2019 年度 実施状況報告書

染色体凝縮を担うコンデンシン制御サブユニットの構造基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K07314
研究機関静岡県立大学

研究代表者

原 幸大  静岡県立大学, 薬学部, 講師 (80729343)

研究分担者 橋本 博  静岡県立大学, 薬学部, 教授 (40336590)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
キーワードX線結晶構造解析 / 染色体凝縮 / コンデンシン / タンパク質複合体 / タンパク質間相互作用 / 染色体再構成系
研究実績の概要

本研究の目的は、染色体凝縮に関わるコンデンシンの制御サブユニットの結晶構造を決定すると共に、染色体再構成系を用いた構造機能相関解析を通じて染色体凝縮の作用機序を原子レベルで明らかにすることである。染色体凝縮は正常な細胞分裂を行うための必須機能である一方、その機能不全は細胞のがん化や小頭症を引き起こす。従って、コンデンシンの分子メカニズムを理解することで染色体凝縮を標的とした新規抗がん剤の創出が期待でき、産業活用にインパクトを与える。
R1年度はコンデンシンI制御サブユニットであるCAP-G-H-DNA複合体の結晶化条件の探索を中心に行った。具体的には様々な長さの二本鎖DNAを用いて複合体を調製し、共結晶化を行った。その結果、板状の微結晶が得られ、PFにてX線回折実験を行った結果、タンパク質特有の回折点を確認できた(未発表)。しかし、分解能が低く、空間群などの構造解析に必須の結晶学的パラメータの決定には至らなかった。今後は、シーディングによる結晶成長の促進、クライオプロテクタントの検討による回折強度データの質の改善などを試みることで構造解析可能なデータを収集する。また、一本鎖DNAとの複合体の調製も視野に入れて、結晶化条件の再探索も進める。
コンデンシンIのもう一つの制御サブユニットであるCAP-D2-H複合体については、最近、酵母ホモログの構造が先行して報告された(Hassler et al., Mol Cell, 2019)。現在、我々が用いているヒトホモログと酵母ホモログの発現領域を比較したところ、Proboscisと呼ばれるヘリックス領域の扱いに違いがみられた。酵母ホモログの構造を参考に、組換えタンパク質発現系の再構築と結晶化条件の探索を進める。コンデンシンII制御サブユニットに関しては、ヒトを含む脊椎動物由来の組換えタンパク質発現系を構築し、性状評価を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

コンデンシンI制御サブユニットの一つであるCAP-G-H-DNA複合体の微結晶が得られたが、構造解析に必須の空間群などの結晶学的パラメータの決定には至っていない。今後、結晶の更なる最適化を進め、CAP-G-H複合体をサーチモデルとした分子置換法による位相決定を試みる。

今後の研究の推進方策

CAP-G-H-DNA複合体など、より高次の複合体の構造解析に重点を置く。他の制御サブユニットの調製方法の確立、及び結晶化条件の探索を継続して行う。

次年度使用額が生じた理由

【次年度使用額が生じた理由】
コロナウイルスの世界的な感染拡大の影響により、当初予定していた学会での研究発表、研究会への参加、研究打ち合わせなどの出張が全てキャンセルとなった。また、研究計画に必要な遺伝子合成を中国に研究所を持つ民間会社に依頼していたが、納期の大幅な遅れが生じ、当該年度での納品が困難となった。
【使用計画】
遺伝子合成が完了したため、次年度に支払請求を行う。また、合成遺伝子を使用して組換えタンパク質発現系を作製するのに必要なプライマー、酵素、試薬、組換えタンパク質の調製に必要な培地、バッファー試薬、プラスチック製品などの消耗品費を計上する。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Structural Basis of the Multifunctional Hub Protein and Identification of a Small-molecule Compound for Drug Discovery2019

    • 著者名/発表者名
      Hara Kodai
    • 雑誌名

      YAKUGAKU ZASSHI

      巻: 139 ページ: 969~973

    • DOI

      10.1248/yakushi.19-00092

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Functional and Structural Analyses of trans C-Methyltransferase in Fungal Polyketide Biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Kishimoto Shinji、Tsunematsu Yuta、Matsushita Takuma、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Tang Yi、Watanabe Kenji
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 58 ページ: 3933~3937

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00702

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure of the RAD9-RAD1-HUS1 checkpoint clamp bound to RHINO sheds light on the other side of the DNA clamp2019

    • 著者名/発表者名
      Hara Kodai、Iida Nao、Tamafune Ryota、Ohashi Eiji、Sakurai Hitomi、Ishikawa Yoshinobu、Hishiki Asami、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 ページ: 899~904

    • DOI

      10.1074/jbc.AC119.011816

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 染色体凝縮を担うコンデンシンIサブコンプレックスの構造2019

    • 著者名/発表者名
      原 幸大、橋本 博
    • 雑誌名

      月間「アグリバイオ」

      巻: 3 ページ: 1265~1267

  • [雑誌論文] 染色体凝縮を担うコンデンシンIサブコンプレックスの構造2019

    • 著者名/発表者名
      原 幸大、橋本 博
    • 雑誌名

      月間「細胞」

      巻: 51 ページ: 604-605

  • [学会発表] 9-1-1と5’末端のフラップDNAを切断するFEN1との複合体の結晶化2020

    • 著者名/発表者名
      永田季穂、原幸大、菱木麻美、橋本博
    • 学会等名
      2019年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] ATR-CHK1チェックポイント経路の活性化に関わる9-1-1とRHINOの相互作用解析2020

    • 著者名/発表者名
      玉舟亮太、飯田奈央、原幸大、櫻井ひとみ、石川吉伸、大橋英治、菱木麻美、橋本博
    • 学会等名
      2019年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 酵素的Diels-Alder反応におけるジアステレオ選択性の制御機構2020

    • 著者名/発表者名
      佐藤道大、岸本真治、Jamieson Cooper、成田一仁、前田直哉、原幸大、橋本博、恒松雄太、Houk N. Kendall、Tang Yi、渡辺賢二
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
  • [学会発表] GATA4二量体形成部位の結晶化条件の探索2020

    • 著者名/発表者名
      清水聡史、原幸大、砂川陽一、菱木麻美、刀坂泰史、宮崎雄輔、船本雅文、Nurmila Sari、清水果奈、和田啓道、長谷川浩二、橋本博、森本達也
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
  • [学会発表] RHINOが結合したRAD9-RAD1-HUS1の結晶構造によって明らかになったDNAクランプの新規な分子間相互作用2020

    • 著者名/発表者名
      飯田奈央、原幸大、櫻井ひとみ、石川吉伸、菱木麻美、橋本博
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
  • [学会発表] Inactive dimer structure of the protease domain of stomatin operon partner protein2019

    • 著者名/発表者名
      Hideshi Yokoyama, Kana Suzuki, Kodai Hara, Ikuo Matsui, & Hiroshi Hashimoto
    • 学会等名
      ISDSB2019
    • 国際学会
  • [学会発表] Inhibition of GATA4 dimerization suppress hypertrophic responses2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Shimizu, Yoichi Sunagawa, Kodai Hara, Asami Hishiki, Yasufumi Katanasaka, Yusuke Miyazaki, Masafumi Funamoto, Nurmila Sari, Kana Shimizu, Hiromichi Wada, Koji Hasegawa, Hiroshi Hashimoto, Tatsuya Morimoto
    • 学会等名
      ESC Congress 2019 together with World Congress of Cardilogy
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA損傷チェックポイントの活性化を担うチェックポイントクランプ複合体の構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      第37回染色体ワークショップ
  • [学会発表] ヒト由来コンデンシンIサブコンプレックスのX線結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会
  • [学会発表] Improvement in binding property of the anti-idiotype aptamer against bevacizumab based on structural information2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Shimizu, Kaori Tsukakoshi, Tomohiro Yamada, Jiaxing Tong, Asami Hishiki, Kodai Hara, Hiroshi Hashimoto, Toshimasa Toyo’oka, Kenichiro Todoroki, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      第3回日本核酸化学会年会
  • [学会発表] Interaction analysis between RAD9-RAD1-HUS1 heterotrimer and RHINO in ATR-CHK1 checkpoint pathway2019

    • 著者名/発表者名
      Ryota Tamafune, Nao Iida, Kodai Hara, Hitomi Sakurai, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Ohashi, Asami Hishiki, Hiroshi Hashimoto
    • 学会等名
      第24回静岡健康・長寿学術フォーラム
  • [学会発表] Aspirochlorine生合成経路におけるスピロ環形成を担う新規酵素の発見と機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      前田直哉、恒松雄太、原幸大、橋本博、渡辺賢二、Christian Hertweck
    • 学会等名
      第61回天然有機化合物討論会
  • [学会発表] 細胞周期チェックポイントに関わる9-1-1とRHINOの複合体のX線結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      飯田奈央、原幸大、櫻井ひとみ、菱木麻美、石川吉伸、橋本博
    • 学会等名
      日本結晶学会2019年度年会
  • [学会発表] 細胞周期チェックポイントに関わる9-1-1とRHINOのゲルろ過カラムを用いた相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      玉舟亮太、飯田奈央、原幸大、櫻井ひとみ、石川吉伸、大橋英治、菱木麻美、橋本博
    • 学会等名
      日本病院薬剤師会東海ブロック、日本薬学会東海支部合同学術大会2019
  • [学会発表] ATR-Chk1経路を担うcheckpoint clamp複合体の構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      第25回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
  • [学会発表] 細胞周期チェックポイントに関わる9-1-1とRHINOの相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      玉舟亮太、飯田奈央、原幸大、櫻井ひとみ、石川吉伸、大橋英治、菱木麻美、橋本博
    • 学会等名
      第8回食品薬学シンポジウム
  • [学会発表] 細胞周期チェックポイントに関わる9-1-1とRHINOの相互作用解析を目的とした試料調製2019

    • 著者名/発表者名
      玉舟亮太、飯田奈央、原幸大、櫻井ひとみ、石川吉伸、大橋英治、菱木麻美、橋本博
    • 学会等名
      第17回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
  • [学会発表] Inhibition of GATA4 dimerization has a potential target for heart failure therapy2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Shimizu, Yoishi Sunagawa, Kodai Hara, Asami Hishiki, Yusuke Miyazaki, Yasufumi Katanasaka, Masafumi Funamoto, Nurmila Sari, Kana Shimizu, Hiromichi Wada, Koji Hasegawa, Hiroshi Hashimoto, Tatsuya Morimoto
    • 学会等名
      第83回日本循環器学会学術集会
  • [学会発表] DNA損傷を検知するチェックポイントクランプとRHINOの複合体の構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      東京農業大学大学院講義
    • 招待講演

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公開日: 2021-01-27  

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