| 研究課題/領域番号 |
17K07543
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| 研究機関 | 福岡女子大学 |
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研究代表者 |
猪股 伸幸 福岡女子大学, 国際文理学部, 准教授 (20301335)
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| 研究分担者 |
山平 寿智 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (20322589)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | トランスクリプトーム解析 |
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| 研究実績の概要 |
本研究の主要な目的は、スラウェシの古代湖群のメダカ科、およびサヨリ科魚類をモデルとして、体色の類似化と色覚の関連性、および共進化の可能性について検討することである。そこで、以下の（A）から（D）を中心に研究を遂行している。（A）古代湖群でのメダカ科、およびサヨリ科魚類を網羅的に採集し、（B）次世代シーケンサーを使用したトランスクリプトーム解析による両科魚類タンパクコード領域の網羅的探索を行う。この情報をもとに（C）両科それぞれの系統樹の推定とトポロジーの比較、（D）オプシン遺伝子群の分子進化パターン、およびオプシン遺伝子群の発現量の比較を行う。
平成30年度以降の計画の通り、（A）に関連して、メダカ科、およびサヨリ科魚類の網羅的採集を終えた。（B）に関連して、次世代シーケンサーを使用したトランスクリプトーム解析に必要なデータを概ね取得した。具体的には、ポソ湖の黒体色、マリリ湖の黄体色、ムナ湖の青体色の代表的メダカ種・サヨリ種のメスの眼球からtotal RNA抽出を行い、次世代シーケンス受託業者にtotal RNA試料を送付（外注）した。次世代シーケンサー（イルミナ社のNovaSeq 6000）を使用して、各個体それぞれについて、ショートリードを得た。（C）に関連して、系統樹の推定はRNAベースの配列データで行われていた。近年、DNAベースのデータの取得が比較的容易になった。最近の研究で、DNAベースのデータを使用した系統樹推定の方が良いことが明らかになっている。系統樹推定手法をDNAベースのデータを用いるべく、必要なサンプルのDNA抽出を終了した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
研究対象の古代湖群に生息するメダカ科、およびサヨリ科魚類を網羅的採集が終了し、トランスクリプトーム解析に必要な配列データの取得は概ね終了した。また、系統樹推定に必要なサンプルのDNA抽出が終了した。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和元年度は、平成30年度以降の研究計画に沿って研究を遂行する。系統樹推定のためのより良い手法を取り入れ、データを取得し、主要な目的である「スラウェシの古代湖群のメダカ科、およびサヨリ科魚類をモデルとした体色の類似化と色覚の関連性、および共進化の可能性についての検討」を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
次世代シーケンス外注等のキャンペーンによる値引きにより残額が生じた。また、系統樹推定手法をRNAベースの配列データからDNAベースのデータに変更したため、外注予定の予算を次年度に繰り越すことになった。
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