| 研究課題/領域番号 |
17K07630
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| 研究機関 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 |
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研究代表者 |
アキリ 亘 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産研究部門, 上級研究員 (70455319)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | トウモロコシ / テオシント / 耐湿性 / 還元ストレス / 遺伝子発現 / 染色体逆位 / ゲノム解析 |
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| 研究実績の概要 |
今年度は、湛水・還元耐性に寄与するテオシント染色体領域が逆位の状態で導入されているトウモロコシ自殖系統IL#18bにおいて、テオシント染色体領域が導入されていると思われる第４染色体の構造を解析するため、ロングリードの情報が得られる次世代シーケンサーによる解析について、試験の設計・検討を行った。即ち、平均長30Kbのゲノムライブラリーの作製・解析により、推定ゲノムサイズ（2.4Gbp）の50倍以上のデータ量取得を目標値として定め、サンプル調整等、種々の準備を進めた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
昨年度、de novo RNA seq解析で得たORF配列情報とリファレンスゲノムの配列を比較し、変異の有無によってフィルタリングする（変異の多い断片を除く）ことで、トウモロコシに導入されているテオシントゲノムの物理的領域を明らかにすることに成功した。
今年度はロングリード次世代シーケンサーを用いて、トウモロコシゲノムに挿入されたテオシントゲノム領域の構造解析を完了する予定であったが、研究代表者が研究以外の業務にも従事したことから、解析に遅延が生じている。
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| 今後の研究の推進方策 |
昨年度同様の方針で研究を進める。即ち、ロングリードの情報が得られる次世代シーケンサーを用いて自殖系統IL#18bのゲノムを解析し、テオシントゲノムに相当する領域の構造解析を行うとともに、同ゲノム領域の塩基配列から湿害応答遺伝子の情報を抽出する。湿害応答遺伝子について、他のモデル植物のゲノム配列、EST配列あるいは遺伝子共発現解析に関する公開データベースを照会し、テオシントゲノムに由来する耐湿性に関連すると思われる遺伝子を推定する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
（理由）
研究代表者が研究以外の業務にも従事したことから解析が遅延し、生じたものであり、次年度に請求する研究費と合わせて研究計画遂行のために使用する。
（使用計画）
本研究課題推進のため、次年度の研究費は、物品費、受託解析サービス等に使用する。
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