| 研究課題/領域番号 |
17K07893
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立環境研究所 |
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研究代表者 |
児玉 圭太 国立研究開発法人国立環境研究所, 環境リスク・健康研究センター, 主任研究員 (90391101)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 食性 / 生活史初期 / ペプチド拡散 / 次世代シーケンサー / 餌生物 / 甲殻類 |
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| 研究実績の概要 |
東京湾で採集したシャコ幼生および稚シャコの食性解析を行った。幅広い生物分類群の18S rDNAおよび28S rDNAを増幅するユニバーサルプライマー、およびホスト生物（シャコ）のDNA増幅を特異的に阻害するためのPNAプローブを用いてPCRを行った。増幅産物を用いてMiSeqによる次世代シーケンス解析を行った。
目視により消化管内容物の存在が認められた稚シャコ6検体について、18S rDNA, 28S rDNAともにPNAプローブを添加した場合、増幅産物からシャコ類のDNAは検出されなかった。一方、PNAプローブを添加しなかった場合、増幅産物の30~88%にシャコ類のDNAが検出された。これらの結果より、稚シャコの食性解析において、PNAプローブの有効性が確認された。次に、幼生4検体（微小サイズのため消化管内容物の存在は確認困難）について次世代シーケンス解析を実施したところ、PNAプローブ添加の有無に関わらず、全ての検体においてシャコ類のDNAが検出された。増幅産物に占めるシャコ類DNAの比率は、PNAプローブを添加しなかった場合100%であったが、PNAプローブを添加した場合は７～77％と幅がみられた。これらの結果は、幼生においても、PNAプローブによるシャコDNAの増幅阻害効果は認められたが、その効果には変動がみられること、およびその原因として、消化管内容物が無い場合（空胃）またはその量が著しく少ない場合に検体中のシャコDNAの存在比率が高くなり、増幅阻害効果の低減が生じるものと推察される。
稚シャコ、幼生各検体の消化管内容物の種構成を調査するため、次世代シーケンス解析により得られたデータ解析を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
稚シャコに関して、ペプチド核酸・次世代シーケンサーの併用による食性解析の実施可能性を確認できた。一方、幼生に関しては空胃個体、もしくは消化管内容物量が著しく少ない個体が多く、有効な解析を行えなかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
野外調査により稚シャコを採集し、検体数を増やして解析を進める。また、ベントス採集も併せて行い、稚シャコ食性と餌生物相の関連についての関連についても解析を試みる。幼生に関しては空胃個体、もしくは消化管内容物量が著しく少ない個体が多かったため、数検体をプールして解析実施するなどの手法改善を試みる。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
平成29年度の本交付金により予定していた次世代型蛍光光度計および関連する試薬・消耗品の購入を、所属機関の研究予算において措置できたため、未使用額が生じた。平成30年度において、サンプルの解析状況を勘案しながら、解析試料数増加または試薬購入のための費用に充当する予定である。
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