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本研究では但馬牛の遺伝的多様性に対する系統分類と系統らしさを示す選抜指標（DL）の有効性を検討した。
系統分類は、ジーンドロッピング法で得られる始祖牛の遺伝子保有確率を主成分分析にかけ、第3主成分までの主成分得点の正負の組み合わせにより行った。DLは主成分得点の空間分布の中で、原点から遠く系統を区別する平面から遠いものが高くなるように指標化した。
シミュレーションでは実在の但馬牛集団を出発点（基礎集団）とし、15世代先までの集団を発生させた。各世代の雄牛数は20、雌牛は5000、それらから産まれる後代数を6000とした。系統分類なしの場合（方法1）を基準として、DLを利用しない場合（方法2）、基礎集団のパラメータで基準化したDLで選抜（方法3）、各世代のパラメータで基準化したDLで選抜（方法4）、各世代・系統のパラメータで基準化したDLで選抜（方法5）を比較した。ここで方法2から方法5まではすべて系統分類を行い、平成31年度は方法3から方法5までのシミュレーションを行った。
方法1における近親交配率は0.64%であったのに対し、方法4や方法5ではその4倍に達し、15世代目での近交係数は50%に迫る水準にまで達することが予想された。
遺伝的多様性指数は、12世代目程度まではDLを用いた3つの方法に優位性が認められたが、それ以降はすべての方法に大きな差はなかった。全体の遺伝的多様性に対する系統間の多様性も概ね同様の推移を示していた。
系統分類により複数の小集団が生成されることから、近交係数の上昇は予想される通りであった。一方で遺伝的多様性が系統分類により高く維持されることは、各系統が異なった方向への固定に向かっていることの証左であり、遺伝資源を保存する上で系統造成が有効であることを示唆した。DLについては若干の有効性が認められたものの、異なるDL（方法3から5）における違いは小さかった。
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