研究課題
成分転写制御因子KdrABが多剤排出ポンプKexDとその他の遺伝子発現に与える影響を明らかにすることを目指している。また、2成分転写制御因子KdrABのレスポンスレギュレータKdrAとKexD転写制御領域との相互作用の有無を明らかにすることを目指している。トランスクリプトーム解析で、キットの販売中止により、大幅な予定変更を強いられたが、代替キットの販売により、リボソームRNAの除去および発現解析実験を行うことができた。新しく販売されたキットとして、NEBNext rRNA Depeletion Kit (Human/Mouse/Rat)with RNA Sample Purification Beads(NEB)とQIAseq FastSelect RNA Removal Kits(QIAGEN)の検討を行った。バイオアナライザーでrRNA除去後のサンプルの状態を調べた結果、QIAGENのキットで処理したRNAはキットに含まれると思われる不純物の購入が認められた。従って、NEBのキットで全てのサンプルの処理を実施した。本実験は広島大学自然科学研究支援開発センターにて実施した。現在、その結果の解析中である。KdrA大量発現用プラスミドから発現したタンパク質が不溶性の凝集体となっていることが明らかになっていた。発現条件を検討することにより解決を試みたが、良い条件を決定することができなかった、そのため、プラスミド構築を再度やり直し、発現条件検討を行っている。
3: やや遅れている
KdrAの大量発現に問題が発生し、平成30年度にプラスミドの構築からやり直す必要が生じた。トランスクリプトーム解析は現在進行中である。
トランスクリプトーム解析は現在進行中である。研究期間を延長したが、9月ごろまでには解析は終了する予定である。KdrAの精製は比較的、凝集体を作りにくい条件が見つかったため、継続して精製を実施する。
使用予定費目のうち最も大きい発現解析が、H29年度からH30年度にずれ込んだため、全体として進行状況が後ろ倒しになっている。
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Sci Rep.
巻: 9 ページ: 4854
doi: 10.1038/s41598-019-41237-7.
