| 研究課題/領域番号 |
17K08690
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立成育医療研究センター |
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研究代表者 |
黒木 陽子 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, ゲノム医療研究部, 室長 (10344037)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | サブテロメア / ゲノム難解読領域 / ロングリードシークエンサー / 次世代シークエンサー / 散在性反復配列 / サブテロメア欠失症候群 / 多発奇形 / 精神遅滞 |
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| 研究実績の概要 |
ヒトサブテロメア領域は、様々なタイプの反復配列が混在し、ヒトゲノムの中でも解析が難しい領域として知られている。ヒトゲノムの参照配列におけるサブテロメア領域のデータは、配列の制度が不十分な上に、未解読な領域が多く存在する。このような状況を踏まえ、本研究では、ヒトサブテロメア領域のゲノム構造解析を行い、この領域のゲノム構造基盤を整備するとともに、健常人における多様性を明らかにする。これらの解析を通じて、サブテロメア領域の構造解析に特化した解析手法を構築する。健常人におけるゲノム構造を明らかにした上で、奇形・精神遅滞などの患者を対象としたゲノム解析を行い、患者におけるゲノム構造異常の特定と原因遺伝子の探索を行う。
昨年度までに、申請者が保有するヒトのサブテロメア領域由来のゲノムクローンについて、ロングリードシークエンサーによる配列データの精度向上を目指し、 ショートリードシークエンサーによる解析を実施した。今年度は、これらの配列データを用いて、サブテロメア領域の高精度な配列データの構築を進めた。ロングリードシークエンサーによる配列データと、ショートリードシークエンサーによる配列データの統合、統合した配列データの精度確認を進めたが、反復配列が多いゲノム領域の配列解析に困難をきたしており、かなりの時間を要している。これらの解析と並行して、患者（多発奇形または精神遅滞等の症状を呈し、その原因が明らかになっていない患者）由来の検体の収集について、その準備を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
反復配列が多く存在するゲノム領域の配列統合、高精度化が、技術的に難しいこともあり、時間を要している。また、患者由来の検体の収集(リクルー ト)に手間取っており、研究全体が遅れている。２０２０年度については、COVID-19感染症蔓延による、研究の制限、共同研究先訪問の制限等も重なり、研究の遂行がかなり遅れたため、１年間の研究期間延長を申請した。
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| 今後の研究の推進方策 |
研究計画で記載したとおり、まずは、健常人の配列データの高精度化を進め、健常人由来の配列データとしての参照配列を構築する。その後、患者のゲノム解析を実施し、サブテロメア欠失症候群の原因遺伝子同定に向けて研究を進める。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
ゲノム配列データの解析に困難をきたし、計算機を用いた情報解析に時間を要したため、試薬を用いる実験等の解析に着手することができなかった。また、COVID-19感染症の蔓延に伴う研究実施の制限や、共同研究先への訪問制限等も重なったため、全体的に研究の進捗に遅れが出たため。
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