腺管分離法を用いたSNP arrayによる胆道癌のゲノムコピー数解析

2019 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17K08701
• 研究機関: 岩手医科大学
• 研究代表者: 塩井 義裕 岩手医科大学, 医学部, 研究員 (00714346)
• 研究分担者: 菅井 有 岩手医科大学, 医学部, 教授 (20187628) ; 石田 和之 岩手医科大学, 医学部, 准教授 (40444004)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• キーワード: SNP array / コピー数異常 / 胆道癌

研究実績の概要

胆道癌の手術材料から分離腺管を採取してDNAを抽出し，CytoScan 750K(Affimetrix)を用いて胆道癌のコピー数解析を行った．肝外胆管癌25例と胆嚢癌11例について解析した．1．胆管癌と胆嚢癌のCNAがみられた遺伝子座数の比較
胆管癌と胆嚢癌でCNAがみられた遺伝子座数を比較すると，CNAがみられる総遺伝子座数は，胆管癌に有意に多く見られ（p=0.0371），Gain，LOH，CN-LOH別では，LOHは胆管癌に有意に多くみられ（p=0.0175），GainおよびCN-LOHでは両群間に有意差はなかった．胆管癌と胆嚢癌間で有意なCNA変化を示す遺伝子座数は2か所みられ，その部位は7q21.3, 7q22.1のGainであった．
2．胆道癌36例についての層別化解析
胆管癌（25例）と胆嚢癌（11例）を含めた胆道癌36例について，コピー数異常に基づき階層的クラスター解析を行ったところ，2群に分かれた．subgroup 2に対し、subgroup 1では有意に胆嚢癌が多い結果であった.（p=0.0027）subgroup 1とsubgroup 2の比較においてCNAがみられる総遺伝子座数は Subgroup2で有意に多くみられた．（p<0.0001）　GainおよびLOHは，subgroup 2で有意に多くみられた.（それぞれp<0.0001, p<0.0001）２つのsubgroup間で有意なCNA変化を示すlocus数を検索した。233箇所に有意な差がみられ，Gainが195箇所，LOHが35箇所，CN-LOHが3箇所で有意なCNA変化がみられた．

研究成果

• [雑誌論文] Comprehensive analysis of somatic copy number alterations in clear cell renal cell carcinoma (2020)
  • 著者名/発表者名: Tsuyukubo Takashi、Ishida Kazuyuki、Osakabe Mitsumasa、Shiomi Ei、Kato Renpei、Takata Ryo、Obara Wataru、Sugai Tamotsu
  • 雑誌名: Molecular Carcinogenesis 巻: 59 ページ: 412～424
  • DOI: 10.1002/mc.23164
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The expression of gastrointestinal differentiation markers in extrahepatic cholangiocarcinoma: clinicopathological significance based on tumor location. (2019)
  • 著者名/発表者名: Ishida K, Osakabe M, Eizuka M, Tai S, Sugimoto R, Fujita Y, Katagiri H, Takahara T, Uesugi N, Nitta H, Sasaki A, Sugai T.
  • 雑誌名: Hum Pathol 巻: 92 ページ: 91-100
  • DOI: 10.1016/j.humpath.2019.08.002
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Melanocytic Nevus of the Colon. (2019)
  • 著者名/発表者名: Uesugi N, Tateno H, Yokoyama H, Abe S, Sugimoto R, Sugai T.
  • 雑誌名: Case Rep Gastroenterol. 巻: 13 ページ: 271-274
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinicopathological and Molecular Findings of Differentiated-Type Minute Gastric Intramucosal Neoplasia. (2019)
  • 著者名/発表者名: Uesugi N, Sugai T, Sugimoto R, Eizuka M, Fujita Y, Sato A, Osakabe M, Ishida K, Shiomi E, Toya Y, Akasaka R, Matsumoto T.
  • 雑誌名: Digestion. 巻: Apr 3 ページ: 1-11
  • DOI: 10.1159/000501196.
  • 査読あり