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2017 年度 実施状況報告書

大腸癌の遺伝子異常の解析~新しい分類を目指して~

研究課題

研究課題/領域番号 17K10630
研究機関京都大学

研究代表者

坂井 義治  京都大学, 医学研究科, 教授 (60273455)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
キーワード次世代シーケンサー / 大腸癌 / 遺伝子変異
研究実績の概要

大腸癌のdriver gene mutationに関する既報を網羅的に調べた結果、APC、TP53、KRASを含めて128個の遺伝子を大腸癌の発癌、生存、増殖に有利な形質を与えうる遺伝子として同定した。また、この遺伝子リストを元に、主にexon領域の塩基配列に相補的、特異的な配列を持つoligonucleotide配列(bait=餌)の設計を行った。
上記作業と並行して共同研究施設で集めた550個の凍結保存検体からDNAとRNAを抽出した。保存検体の条件により5個のsampleからはDNAとRNAの抽出が不可能であったが、合計545個のsampleからは分解の少ないDNAとRNAの抽出が可能であった。
DNAをrandomに断片化したのち、作成したbaitを用いて解析対象として遺伝子領域のみを抽出し、次世代シーケンサーを用いた大量並列シーケンスを行った。NCBI Human Reference Genome上に適切アルゴリズムを用いてmappingした結果、目的の遺伝子領域に関して、平均で600read以上のdepthが得られ、十分な質のデータが得られていることを確認した。
現在までの解析により、APC、TP53、KRAS、FBXW7とPIK3CAの順番に最も高い頻度で変異が入っていることが認められた。(それぞれ85%、79%、45%、15%、14%)。この結果はTCGAから報告されている頻度(Nature; 2012)と大きな相違のない結果であった。また、Microsatellite Instability(MSI)を有するsampleの割合はおおよそ8%であり、欧米からの報告と比較すると低いものの、日本人に関する報告とは相違のない結果であった。この群に関しては、既報と同じく再発する頻度がMSIを持たない群と比較して優位に低く、予後良好な群であることを確認した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

検体の保存状態が非常に良いために、DNA/RNAの抽出が予想されているよりも早く行うことが可能であった。

今後の研究の推進方策

データのクリーニング及び遺伝子変異の同定の作業を継続する。データの量が膨大なため、多大な時間を要すると予想される。一方で、同定された遺伝子変異に関しては、sampleの予後情報を収集し、予後の相関に関しての解析を同時に進めることを予定している。

次年度使用額が生じた理由

(理由)若干の端数が生じた為。
(使用計画)次年度の予算と合わせて使用予定である。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2018

すべて 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件)

  • [学会発表] Targeted sequencing of colorectal cancer in search for prognostic biomarkers2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshikage Inoue, Yoshiharu Sakai
    • 学会等名
      American Association for Cancer research
    • 国際学会

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公開日: 2018-12-17  

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