分子バーコードを用いた高感度遺伝子変異解析と機能解析

2019 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17K10784
• 研究機関: 岡山大学
• 研究代表者: 冨田 秀太 岡山大学, 大学病院, 准教授 (10372111)
• 研究分担者: 豊岡 伸一 岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 教授 (30397880) ; 宗 淳一 岡山大学, 大学病院, 講師 (90559890)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• キーワード: 分子バーコード / 次世代シーケンサー / 肺癌 / EGFR / ALK / co-mutation / VUS / compound mutation

研究実績の概要

本研究では、分子バーコード技術を用いた次世代シーケンサー（分子バーコードNGS）解析を実施し、既存の臨床遺伝子検査との整合性を確認するとともに、共存する遺伝子変異（co-mutation）や機能未知遺伝子変異（VUS）のリストを作成し、臨床病理との関連性を解析してきた。
①分子バーコードNGSを用いた症例でテクニカルな再現性を検証した。分子バーコードNGSでは、解析結果は完全に一致しており、分子バーコードNGSの優位性が明らかになった。また分子バーコードNGSにより、約30％程度、擬陽性が疑われる遺伝子変異の検出率低減効果を認めた。
②臨床遺伝子検査により上皮成長因子受容体（EGFR）変異陽性と確認された肺腺がん64症例を対象に、凍結組織からgDNAを抽出し、がん関連47遺伝子を解析対象とした分子バーコードNGS解析を実施したところ、63/64症例で解析結果が一致した。また＃3236症例はL858R遺伝子変異とともに、co-mutationとして（EGFR阻害剤を使用する前から）T790M遺伝子変異を有する症例であることが確認された。
③ALK融合遺伝子陽性の肺腺癌症例で、かつALK阻害剤に耐性を示した症例を対象に、治療前と治療後の原発巣、さらに複数の転移巣のFFPE試料から抽出したDNAを用いて分子バーコードNGS解析を実施したところ、治療前のサンプルからはALK融合遺伝子を検出するとともに、治療後のサンプルからはALK阻害剤に耐性を示す遺伝子変異を検出した。
これらの結果は、分子バーコードNGS解析が臨床診断においても有用であることを示している。
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研究成果

• [雑誌論文] YES1 activation induces acquired resistance to neratinib in HER2 ‐amplified breast and lung cancers (2020)
  • 著者名/発表者名: Takeda Tatsuaki、Yamamoto Hiromasa、Suzawa Ken、Tomida Shuta、Miyauchi Shunsaku、Araki Kota、Nakata Kentaro、Miura Akihiro、Namba Kei、Shien Kazuhiko、Soh Junichi、Shien Tadahiko、Kitamura Yoshihisa、Sendo Toshiaki、Toyooka Shinichi
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 111 ページ: 849～856
  • DOI: 10.1111/cas.14289
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Rapid Acquisition of Alectinib Resistance in ALK-Positive Lung Cancer With High Tumor Mutation Burden (2019)
  • 著者名/発表者名: Makimoto Go,Ohashi Kadoaki,Tomida Shuta,Nishii Kazuya,Matsubara Takehiro,Kayatani Hiroe,Higo Hisao,Ninomiya Kiichiro,Sato Akiko,Watanabe Hiromi,Kano Hirohisa,Ninomiya Takashi,Kubo Toshio,Rai Kammei,Ichihara Eiki,Hotta Katsuyuki,Tabata Masahiro,Toyooka Shinichi,Takata Minoru,Maeda Yoshinobu,Kiura Katsuyuki
  • 雑誌名: Journal of Thoracic Oncology 巻: 14 ページ: 2009～2018
  • DOI: 10.1016/j.jtho.2019.07.017
  • 査読あり
• [雑誌論文] Acquired resistance mechanisms to afatinib in HER 2 ‐amplified gastric cancer cells (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshioka Takahiro、Shien Kazuhiko、Takeda Tatsuaki、Takahashi Yuta、Kurihara Eisuke、Ogoshi Yusuke、Namba Kei、Torigoe Hidejiro、Sato Hiroki、Tomida Shuta、Yamamoto Hiromasa、Soh Junichi、Fujiwara Toshiyoshi、Toyooka Shinichi
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 ページ: 2549-2557
  • DOI: 10.1111/cas.14089
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Clinical and immune profiling for cancer of unknown primary site (2019)
  • 著者名/発表者名: Haratani Koji、Hayashi Hidetoshi、Takahama Takayuki、Nakamura Yasushi、Tomida Shuta、Yoshida Takeshi、Chiba Yasutaka、Sawada Takahiro、Sakai Kazuko、Fujita Yoshihiko、Togashi Yosuke、Tanizaki Junko、Kawakami Hisato、Ito Akihiko、Nishio Kazuto、Nakagawa Kazuhiko
  • 雑誌名: Journal for ImmunoTherapy of Cancer 巻: 7 ページ: 251
  • DOI: 10.1186/s40425-019-0720-z
  • 査読あり
• [学会発表] 非小細胞肺癌におけるモネンシン併用療法によるEMT関連薬剤耐性の克服 (2019)
  • 著者名/発表者名: 大智宏佑、諏澤憲、冨田秀太、豊岡伸一
  • 学会等名: 第78回 日本癌学会学術総会