| 研究課題/領域番号 |
17K11400
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| 研究機関 | 和歌山県立医科大学 |
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研究代表者 |
平岡 政信 和歌山県立医科大学, 医学部, 助教 (80423945)
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| 研究分担者 |
杉田 玄 和歌山県立医科大学, 医学部, 博士研究員 (20407274)
河野 正充 和歌山県立医科大学, 医学部, 准教授 (20511570)
保富 宗城 和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (90336892)
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| 研究期間 (年度) |
2021-01-01 – 2024-03-31
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| キーワード | microbiome / 16S / tonsil / 菌叢解析 / 扁桃炎 / 扁桃周囲膿瘍 / microbiota |
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| 研究実績の概要 |
アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入が実行できた。扁桃摘出術41症例より、扁桃表面スワブ、陰窩深部より吸引採取したdebris（生理食塩水200ulで調整し、一部はスワブを採取）、メスで無菌的に切り出した陰窩深部組織片を両側同時に採取した。扁桃表面と陰窩深部に生息する生菌の比較のため、病院検査での培養提出を行った。陰窩深部より採取したdebrisと組織片は、-30度保存し、検体がすべて集まった状態で、外注検査へ提出した。UCSD Microbiome Coreより得たデータを以下にて処理していく。
dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働する
Virtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、公開することを前提としたフォーマットの確認を行う。
データベースの選定としては、green genes97%一致を優先して処理した。また、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。
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