| 研究課題/領域番号 |
17K11827
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
道 泰之 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (70376755)
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| 研究分担者 |
中川 一路 京都大学, 医学研究科, 教授 (70294113)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 複合感染症 / 顎骨骨髄炎 / メタ16S解析 / メタゲノム解析 |
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| 研究実績の概要 |
【検体採取】検体採取は2例に行った。DNA/RNAの抽出を実施した．【細菌種カタログの再評価】再構築した16S rRNA遺伝子配列，および高速シーケンサーで獲得した断片配列をアセンブルソフト（Platanus等）で組み立てたコンティグ配列を用いて既出の顎骨骨髄炎コア・マイクロバイオームの再評価を一部行った。細菌活動性指標（16S rRNA/16S rDNA比）から慢性期の病変において高い活動性を保有しているコア・マイクロバイオーム、およびこれらの細菌種と強い共起関係を保有する細菌種・古細菌種のリストアップとそれらのコンティグ配列を抽出し、以下の機能遺伝子解析を行った。
コンティグ配列をKEGG等の複数のデータベースに相同性・類似性検索をかけることで，顎骨骨髄炎細菌叢内に於ける機能遺伝子をリストアップ。顎骨骨髄炎発症にかかわる疾患特異的機能遺伝子を検出を一部行った。細菌種カタログのデータを用いて，活動性は高くないもののキーストーン種と類似の機能を有する細菌種の同定と、キーストーン種および類似機能を保有する細菌種の共起ネットワークの解析の一部を行った。顎骨骨髄炎細菌叢が有するロバストネス（頑強性）について確認した。解析ソフトPHAST等を使用して，あらゆるファージのデータベースに対して類似性検索を行い，ファージの配列の抽出を一部行った。獲得した配列に対してBLASTXで類似性検索を行い、バクテリオファージが感染した細菌種を一部同定した。成果の一部を国内の研究会で発表した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
検体採取は引き続き行えているが、研究協力者の異動によりやや進捗に滞りがみられた時期があり、おおむね当初の予定範囲内での進捗となっている。
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| 今後の研究の推進方策 |
検体採取に遅れが出ないように、引き続き行い、DNA/RNAの抽出を続ける。機能遺伝子の解析とコアマイクロバイオームの再評価を不断に行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
前年度使用消耗品費が予算より少なく、今後検体採取がさらに進捗することで、次年度に使用額が大きくなることが予測されるため。
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