| 研究課題/領域番号 |
17K11827
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
道 泰之 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 講師 (70376755)
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| 研究分担者 |
中川 一路 京都大学, 医学研究科, 教授 (70294113)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 顎骨骨髄炎 / 細菌叢 / メタゲノム / メタトランスクリプトーム |
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| 研究実績の概要 |
本研究は、顎骨骨髄炎に関与する細菌叢をゲノム解析することで、慢性化、難治化の原因となる病原因子を同定することを目的とする。本研究では顎骨骨髄炎の病変（腐骨）から、そこに存在する細菌叢のDNA、RNAを抽出し、メタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析を行い、培養では検出しきれない細菌を含め、細菌層が保有する病原因子を明らかにすることで新規治療法を提案する。本年度は病変から抽出した細菌叢のDNAのうちで、細菌特有の16S rDNA、16S rRNAの領域を遺伝子解析することで、病変に存在し、かつ活動性の高い（16S rDNAから16S rRNAへの転写率が高い）細菌種を同定し、さらにメタ16Sのデータから機能遺伝子を予測する解析パインプライン”PICRSｔ”を用いて顎骨骨髄炎細菌叢が保有する機能遺伝子を予測した。このことによって、今までは顎骨骨髄炎に対する治療方法が細菌をターゲットとしたものであったが、病原因子となる機能遺伝子が明らかになることによって、新たな治療ターゲットを同定するに至る可能性が見いだせた。しかし、本解析ではあくまでも細菌叢が保有する機能遺伝子群を「予測」したものであり、病原因子と考えうる機能遺伝子がどの程度発現されているかを明らかにすることは困難である。そのため、次年度はメタトランスクリプトーム解析、さらにはプロテオーム解析を進めて、実際に病原因子と考えうる機能遺伝子の同定、さらにはその発現量を解析していく。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
COVID-19の影響もあり、患者数減少などで検体数が予定通り集まらなかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
引き続き、目標値に達するまで検体採取を継続する。また、現時点で入手できている検体を用いて、メタトランスクリプトーム解析の予備実験を勧め、解析パイプラインを確立する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本年度はCOVID-19の影響あり、患者数減少などが原因で検体が取得できなかった。
次年度、検体取得次第試薬購入して解析を進めていく
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