| 研究課題/領域番号 |
17K12019
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| 研究機関 | 昭和大学 |
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研究代表者 |
葭葉 清香 昭和大学, 歯学部, 講師 (60555358)
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| 研究分担者 |
鎌谷 宇明 昭和大学, 歯学部, 准教授 (00315003)
椋代 義樹 昭和大学, 歯学部, 助教 (50325099)
栗原 祐史 昭和大学, 歯学部, 講師 (90514969)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 心臓弁膜症 / 口腔内細菌 / クローナリティー / 網羅的解析 |
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| 研究実績の概要 |
平成３０年度は、①対象患者における摘出心臓弁組織からのDNAの抽出、②１６SrRNA配列用のユニバーサルプライマーを用いた細菌の検出、③次世代シーケンサーを用いたメタゲノムショットガンシーケンス解析をすすめた。心臓弁組織は３０検体あり、順次DNAを採取した。DNAの収量、品質共に以降の解析に際して問題はなかった。１６SrRNA配列用のユニバーサルプライマーを用いた細菌の検出については、PCRの条件検討に時間を要した。心臓弁組織から細菌が同定される候補を検索した。１６SrRNA配列用のPCRで細菌の検出を認めた、心臓弁組織５症例を次世代シーケンサーを用いたメタゲノムショットガンシーケンス解析に提出した段階である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
心臓弁組織からのDNA抽出にあたって収量と品質を上げることに時間を要した。
16SrRNA配列用のユニバーサルプライマーを用いた細菌の検出については、PCRの条件検討に時間を要した。
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| 今後の研究の推進方策 |
次世代シーケンサーを用いたメタゲノムショットガンシーケンス解析結果を参照し、検出された細菌種を確認する。確認された細菌種の保有する遺伝子をDNA、RNAレベルで再度検証する予定である。そして、解析結果と心臓弁膜症の病態・臨床病理学的因子との関連の解析について解析し、心臓弁膜症の病態と口腔内常在菌との関連についてさらに明らかにしていく予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
次世代シーケンサーを用いたメタゲノムのショットガンシーケンス解析を行う、心臓弁候補の同定に時間を要したため、次年度使用額が生じた。平成３１年に残りの臨床検体のシークエンス解析を順次進めていく予定である。
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