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2018 年度 実績報告書

高深度キノーム解析による淡明腎細胞癌分子標的薬感受性マーカーの同定と耐性克服

研究課題

研究課題/領域番号 17K15014
研究機関国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所

研究代表者

阿部 雄一  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 プロテオームリサーチプロジェクト, 協力研究員 (30731632)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
キーワード淡明型腎細胞がん / リン酸化プロテオミクス / 薬剤感受性 / キナーゼ活性測定 / キナーゼ阻害剤
研究実績の概要

本研究計画では、淡明腎細胞癌における網羅的キナーゼ情報(=キノーム情報)を取得し、キナーゼ阻害剤感受性マーカーと耐性克服標的の同定を目的とする。
淡明腎細胞癌の切除組織片からのコンディショナルリプログラミング法による癌組織由来細胞株の樹立を2018年10月までに完了した。最終的に、178個の癌検体から25細胞株の作成に成功した。そのうち淡明型腎細胞がんの17細胞株に対して、スニチニブ、アキシチニブ、エベロリムス、カボザンチニブの薬剤感受性試験を行った。
17株の凍結ストックから再融解後、11株については上記4剤の薬剤感受性データの測定に成功した。一部の細胞株では再融解後に細胞増殖が認められなかったため、今回の解析計画から除外した。その結果、11株それぞれで上記4剤に異なった感受性パターンが観測され、当初の狙いである薬剤感受性メカニズムの比較解析を実施し得るサンプル(感受性株、耐性株)が整備できた。
薬剤感受性データを取得した11株のうち、十分なタンパク質量の確保できた10株についてプロテオミクス解析、リン酸化プロテオミクス解析を進めた。LC-MS/MSによる測定の結果、プロテオミクス解析からは6486タンパク質、リン酸化プロテオミクス解析では33652リン酸化部位(うちClass1部位は21407部位)がそれぞれ同定された。
今後、得られたデータを統合し、薬剤感受性群、耐性群それぞれにおけるキノーム活性変動を、研究代表者が報告済みの活性プロファイリング法で算出予定である。また基質タンパク質側のリン酸化ネットワーク構造の変化に関する解析を、PHOTON法(Cell Systems, 2016)により実施する。これらの解析結果から、耐性群で活性化しているリン酸化シグナルネットワークを抽出する予定である。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2018

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Improved phosphoproteomic analysis for phosphosignaling and active-kinome profiling in Matrigel-embedded spheroids and patient-derived organoids2018

    • 著者名/発表者名
      Abe Yuichi、Tada Asa、Isoyama Junko、Nagayama Satoshi、Yao Ryoji、Adachi Jun、Tomonaga Takeshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 11401-11401

    • DOI

      10.1038/s41598-018-29837-1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 網羅的チロシンリン酸化プロテオミクス解析法の構築2018

    • 著者名/発表者名
      阿部雄一、多田亜沙、磯山純子、長野麻衣子、久家貴寿、佐藤彩子、足立淳、朝長毅
    • 学会等名
      MSP2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [産業財産権] 治療標的である活性化キナーゼのスクリーニング方法2018

    • 発明者名
      朝長毅、阿部雄一
    • 権利者名
      朝長毅、阿部雄一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2018-037894

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公開日: 2019-12-27  

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