| 研究課題/領域番号 |
17K15049
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
菊地 正隆 大阪大学, 医学系研究科, 特任講師(常勤) (90722538)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | アルツハイマー病 / マルチオミックス / データベース |
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| 研究実績の概要 |
これまでアルツハイマー病(AD)患者死後脳で測定された様々なオミックスデータ(一塩基多型(SNP)、コピー数多型(CNV)、mRNA量、マイクロRNA量など)が解析され報告されてきているが、単一のデータセットに由来する解析結果には、少サンプル数の問題や多くの仮説検定を行うことに起因する偽陽性が生じており、異なるサンプル集団では再現性が取れないことがしばしばある。この問題を解決する手段の一つとして、公共データベース(DB)に蓄積されてきた利用可能なデータセットを再解析し、各データセットで算出された統計量を統合するメタアナリシスを行うことが有効である。本研究では公共DBに蓄積されたADに関連する様々なオミックスデータを整備し統合DBを構築する。さらにメタアナリシスツールを開発するとともに、AD患者死後脳データを用いデータドリブンに分子パスウェイを推定しDBに格納する。平成30年度は前年度に準備した104データセット、計13,540サンプルの公共データの中から各データセットの概要を手作業で調べ、本データベースへの登録に相応しい67データセット、計10,227サンプルをフィルタリングした。ダウンロードした発現量などの数値データは研究デザインに沿った統計手法により健常者とAD患者の比較解析を行っており、現在進行中である。また解析したデータを検索、表示できるウェブページADMIX（Alzheimer’s Disease Multi-omICS database） （http://www.alzdb.org/admix/gene_submit.html）データベースを作成し、解析が完了したデータを準備格納している。*URLやウェブページのレイアウトは今後変更される可能性がある。来年度はさらに解析および開発を進めDBの公開や論文化を進めていく予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の予定通りデータの解析やデータベースの構築が進んでいる。解析した一部データについてはウェブサイトでの公開も完了し、検索システムや可視化機能についても現在問題なく進んでいるため、計画はおおむね順調に進展している。
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| 今後の研究の推進方策 |
引き続きデータの再解析を進め算出した統計量をDBサーバーへ格納する。またすべての統計量を算出後、メタアナリシスを行い、得られた統計量もDBサーバーへ格納する。メタアナリシスではデータセットごとに算出されたβ値やp値をFisher法(1925)やStouffer法(1949)により統合することでデータセットを通した各分子の疾患への寄与を評価する。さらにWebサーバー上で各遺伝子やSNPの数値情報を可視化するツールを用意する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
次年度に予定している論文化や学会発表に使用する予算を確保するため今年度一部予算を繰り越した。
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| 備考 |
解析したデータを検索、表示できるウェブページ。URLやウェブページのレイアウトは今後変更される可能性がある。
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