| 研究課題/領域番号 |
17K15164
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| 研究機関 | 東北大学 |
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研究代表者 |
中山 卓郎 東北大学, 生命科学研究科, 助教 (70583508)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | シアノバクテリア / 共生進化 / 比較ゲノム / 渦鞭毛藻 / 微細藻類 |
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| 研究実績の概要 |
本研究は、渦鞭毛藻に共生するシアノバクテリアのゲノム解読を通じて、当該共生体の役割および進化を解明することを目的としている。この研究計画は大まかに（I）共生性渦鞭毛藻の採集 （Ⅱ）共生シアノバクテリアゲノムシーケンシング （Ⅲ）アセンブリングおよびゲノムアノテーション （Ⅳ）比較ゲノム解析および代謝機能解析という4つのプロセスに分けられるが、本年度はI、Ⅱ、Ⅲのステップを行なった。
本研究で対象とする渦鞭毛藻は採集が難しく、対象渦鞭毛藻類の確保が研究遂行の鍵であるが、筑波大学下田臨海実験センターの協力により、静岡県下田市沖の海域から2属5種以上のシアノバクテリア共生性渦鞭毛藻細胞を採取することができた。今年度はその中でOrnithocercus属の1種を選定し解析対象とした。対象渦鞭毛藻から単離した共生シアノバクテリア細胞からphi29 DNAポリメラーゼを用いて全ゲノム増幅を行ない、増幅ゲノムサンプルを次世代シーケンサー（IlluminaおよびNanopore）により解析した。次世代シーケンシングにより得られたショートおよびロングリードを用いてハイブリッドアセンブリングを行った結果、解析対象であるシアノバクテリアのものと考えられるゲノムスキャフォルドが検出された。現在得られたシアノバクテリアゲノム配列についてアノテーション作業を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
当初の計画上、本年度は主に対象となる渦鞭毛藻の採取および次世代シーケンシングまでを行う予定であったが、渦鞭毛藻サンプルの確保が滞りなく行えたことで当初の想定よりも研究が早く進展し、研究計画を前倒ししてゲノム解析を進めている。
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| 今後の研究の推進方策 |
これまでの作業の中で特に問題は発生しておらず、このまま当初の計画で予定していた行程を順次進めていく。可能であれば今年度中に成果を纏めて学術雑誌に投稿する予定である。
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