| 研究課題/領域番号 |
17K15387
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
福永 航也 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員 (50506722)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 牛 / 黄色ブドウ球菌性乳房炎 / ゲノムワイド関連解析 / 乳房炎の慢性化 |
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| 研究実績の概要 |
ウシの黄色ブドウ球菌性乳房炎の慢性化に関連する候補遺伝子のうち牛白血球抗原(BoLA)のDRB3アリルと慢性化の関連解析を行った。2017年度は2つの項目を達成した。
１．黄色ブドウ球菌性乳房炎慢性化牛の診断方法の確立
黄色ブドウ球菌(SA)性乳房炎の慢性化は１週間ごとに３回にわたって乳汁中にSAが認められることという基準が存在するが、そのエビデンスが記載されたものはない。そこでベアードパーカー寒天培地・羊血液寒天培地を用いて、１週間ごとに３回にわたって乳房炎疑いのある牛の乳汁中のSAの感染の有無を調査した。そのうち１週間ごとに３回にわたって乳汁中にSAが同定された個体を慢性感染牛、それ以外を急性感染牛と定義した。以前から使用されていた基準のエビデンスとなる情報を整備した。またSA感染牛中の慢性感染牛と急性感染牛の割合を明らかにし、年齢、経産数などの背景因子から特徴的な因子の同定も試みた。
２．BoLA-DRB3アリルと慢性化SA性乳房炎の関連解析
以前に採取されていた黄色ブドウ球菌性乳房炎の慢性化牛のゲノムを用いて、BoLA-DRB3アリルのジェノタイピングを行い、SAの慢性化における関連解析を行った。このゲノムは十分な濃度を示し、断片化されていないことを確認した。黄色ブドウ球菌性乳房炎の慢性化においてジェノタイプされたDRB3アリルを用いて関連解析を行ったところボンフェローニー補正をした有意水準を下回るアリルは同定されなかった。牛のリンパ種などでプロテクティブな関連があったBoLA-DRB3*09:02は検出されなかった。またDRB3*11:02は高頻度で検出されたが、関連解析の結果有意なＰ値を示さなかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
以前に採取されていたホルスタイン種と認識されていたゲノムのジェノタイピングデータを用いて主成分分析を行ったところ3つの集団構造が認められ、純粋なホルスタイン種ではない可能性が認められた。そのため予定していた個体数では検出力が小さいため追加サンプルの採取が必要になっている。この理由から進捗がやや遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
追加サンプルを入手次第、網羅的なSNPジェノタイピングを行い主成分分析によりサンプルの集団構造を特定する。また、候補領域のSNPの関連解析結果を以前の結果と統合する。候補領域周辺の原因遺伝子を網羅的に探索する次世代シークエンサーを用いたアンプリコンシークエンシングを行い、原因遺伝子の同定を行う。新規関連遺伝子が同定された場合乳房炎の慢性化リスクを予測する式を構築し、慢性化リスクの診断法を確立する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
前年度に予定していたサンプル数（96サンプル）のジェノタイピングは約200万円であった。しかし48サンプルのプレ実験の段階でホルスタイン種ではないことが明らかになり急遽144サンプルのジェノタイピング（＝約300万円）が必要なことが判明した。そのため当該年度の予算で不足したため、次年度の予算と合計し支出することとした。
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