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本課題は、ゲノムワイド関連解析（GWAS）というゲノム上のほぼすべての一塩基多型
の関連解析を行う手法で、牛の黄色ブドウ球菌性乳房炎の慢性化機転に関連するBTA7およびBTA26上のゲノムバイオマーカーを同定した。このゲノムバイオマーカーは長鎖脂肪酸に特異的なアシルCoA合成酵素であるACSL5に関連している可能性を示唆した。しかしながら、千年度までに用いた全ゲノムSNP解析のSNP数は約6万程度であり全ゲノム領域を完全にカバーしているとは言い難い。また、インピュテーションなどでカバーしたとしても牛の全ゲノム領域のバリエーションは未知に部分が多い。そこで本年度はGWAS では調べることが困難であった牛の MHC クラス 2 の 6 遺伝子のジェノタイピング法を次世代シークエンサーを用いて構築した。この方法を用いて、BoLA-DQA2 (DQA2)、BoLA-DQB(DQB2)、BoLA-DQA5 (DQA5)、BLA-DQB (DQB1)、LOC100848815 (DQA1) お よ び BoLA-DRB3(DRB3)におけるコピー数とアリルを組み合わせて完全な MHC クラスⅡアリルを同定し、そのハプロタイプ構造を推定した。BoLAクラス II の 6 遺伝子中 3 遺伝子には CNV が存在し、新規 15 アリルが認められた。この新規アリルはIPD-MHCデータベースに登録中であり、近々アリル名が付与される予定である。遺伝子ごとのハプロタイプ構造を明らかにした。関連解析の結果 BoLA-DRB3*011:01 アリルが黄色ブドウ球菌性乳房炎の感受性に関連している可能性を示唆した。
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