| 研究課題/領域番号 |
17K15631
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| 研究機関 | 横浜市立大学 |
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研究代表者 |
竹内 正樹 横浜市立大学, 医学研究科, 特任助教 (80794081)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | ベーチェット病 / HLAクラスI分子 / ERAP1 / ERAP2 / エピスタシス / HLA-B*51 / HLA-A*26 / SNP |
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| 研究実績の概要 |
平成29年度は研究計画に基づいて研究を遂行し、以下の研究成果が得られた。
1．ERAP1-ERAP2遺伝子領域の網羅的なSNP解析：①ERAP1-ERAP2遺伝子領域について、HapMapプロジェクトの日本人集団のデータからtag SNPを網羅的に抽出しジェノタイプを行った。日本人集団（ベーチェット病患者640例、健常者1,531例）でジェノタイピングを行い遺伝子型情報を取得した。②得られた遺伝情報を、IMPUTE2ソフトウェアを使用しimputationを遂行した。リファレンスデータとして、1000人ゲノムプロジェクトの多人種データを使用した。
③Imputation解析により取得した詳細な遺伝情報を解析し、ERAP1-ERAP2遺伝子領域内のSNPとベーチェット病の相関性を評価した。
2．日本人集団を対象としたHLA-AおよびHLA-Bジェノタイピング：日本人集団のうち、患者全640例および健常者1,327例においてHLA-AおよびHLA-Bのアリル情報をすでに取得しているため、残りの健常者204例について、HLA-AおよびHLA-Bジェノタイピングを実行した。
3．ERAP1およびERAP2とHLAクラスI遺伝因子間のエピスタシスの検討：①HLA-B*51アリルまたはHLA-A*26アリル保有の有無に層別化して、ERAP1およびERAP2とHLAクラスI遺伝因子間のエピスタシスを検討した。②HLA-B*51アリルまたはHLA-A*26アリルの陽性患者においてのみ、有意な相関を示すSNPを抽出し、リスクSNPとHLAクラスI遺伝因子間のエピスタシスを検討した。検討によってERAP1-ERAP2遺伝子領域の複数のSNPとHLA-B*51アリルおよびHLA-A*26とのエピスタシスが同定された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
平成29年度の研究計画に基づき、1．ERAP1-ERAP2遺伝子領域の網羅的なSNP解析、2．日本人集団を対象としたHLA-AおよびHLA-Bジェノタイピング、3．ERAP1およびERAP2とHLAクラスI遺伝因子間のエピスタシスの検討を既に行い、複数のERAP1-ERAP2領域においてHLA-B*51またはHLA-A*26とエピスタシスを示すのSNPを同定するに至った。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成30年度は、日本人集団で観察されたERAP1-ERAP2遺伝子領域のSNPとHLA-B*51アリルまたはHLA-A*26とのエピスタシスについて、トルコ人集団、イラン人集団を用いて遺伝情報を用いて再現性を検討し、再現性がみられたものについては機能解析を行い更に詳細な解析を行う予定である。トルコ人集団の遺伝情報は既に研究協力者が所有しており、イラン人集団についてはDNA検体を当研究室が所有しており、研究計画を妨げる要素は見当たらない。
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