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2022 年度 実績報告書

深層学習と意味解析を組み合わせた臨床研究データを標準化する手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 17K15866
研究機関北海道大学

研究代表者

西本 尚樹  北海道大学, 大学病院, 特任准教授 (90599630)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2023-03-31
キーワードDeep learning / 自然言語処理 / データベース / 臨床研究 / 変数 / マッピング
研究実績の概要

2017年度の研究開始時には、深層学習の実装と課題の定式化についての知識を収集した。続いて、深層学習による結果の評価を行うために、ベイズ流の症例数設計方法を応用して、電子カルテの変数名を行うことができた。MEDINFO2017で発表した。研究計画当初に設定した3つの目標のうち、2018から2022年度まで(2)及び(3)の情報ソースの構築を進めた。
(1)Semantic integration技術:HL7/SS-MIX2データに対するメタデータの構築を行った
(2)深層学習:変換パターンの分類とプログラミング言語による処理コーディングを行った
(3)現状のマッピング割合24%から20%以上上乗せした変換割合向上を目指した
医学用語のコーティングに統計解析パッケージのSASを用いて、既存の臨床試験の変数mappingを行った。昨年度の研究から引き続いて、プログラミング言語Pythonを使用して、変数のmappingを行った。情報ソースは、統計解析パッケージSASに収録されている3,264人分のBMIと年齢のみが変数のサンプルデータ(BMIデータ)を用いた。サンプルデータは、米国national health and nutrition examination survey (NHANES)の8250人の男性のデータであり、さらにサンプリングが行われているものである。この変数名に対して、semantic integrationの技術を適用し、電子カルテデータの変数名や既存の試験のデータベース定義書から変数間のつながり、変換過程を記述する試みを行った。本研究で得られたPythonによるプログラミングの知識は、robotic process automationとして北海道大学病院データセンターにてデータマネージャの教育に利用した。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Status of the Current Treatment Options and Potential Future Targets in Uterine Leiomyosarcoma: A Review2022

    • 著者名/発表者名
      Asano Hiroshi、Isoe Toshiyuki、Ito Yoichi M.、Nishimoto Naoki、Watanabe Yudai、Yokoshiki Saki、Watari Hidemichi
    • 雑誌名

      Cancers

      巻: 14 ページ: 1180~1180

    • DOI

      10.3390/cancers14051180

  • [学会発表] 高度なIT関連およびプログラミングの知識を有さずともDXを推進するためのPower Automate Desktopを用いた試み2023

    • 著者名/発表者名
      深瀧 恭子,西本 尚樹,吉永 和美,齊藤 栄子,北山 香織理,森木 亜希,伊藤 陽一,樋之津 史郎
    • 学会等名
      日本臨床試験学会第14回学術集会総会in金沢
  • [学会発表] 臨床試験データセンターにおけるrobotic process automation可能なプロセスの抽出とデータマネージャへの教育2022

    • 著者名/発表者名
      西本 尚樹,吉永 和美, 齊藤 栄子, 北山 香織理, 森木 亜希, 伊藤 陽一
    • 学会等名
      第42回日本医療情報学会学術大会医療情報学連合大会

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公開日: 2023-12-25  

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