研究課題
家族性大腸腺腫症(FAP)は、大腸癌を発症する素因を持つ、多数の結腸直腸腺腫を特徴とする遺伝性疾患である。今回我々はInfinium 450k ビーズアレイを使用して、7個の癌サンプルと16個の腺腫サンプルを含むFAP腫瘍のゲノムワイドなDNAメチル化解析を行った。比較対象として、散発性大腸腫瘍および正常粘膜について、The Cancer Genome Atlasおよびその他のデータベースを参照し、297個の散発性大腸癌、45個の散発性大腸腺腫、および37個の正常粘膜のInfinium 450kデータを使用した。FAPと散発性大腸癌/腺腫、正常粘膜の階層クラスタリング分析により、散発性大腸癌が4つのDNAメチル化エピジェノタイプ(ME)、高ME(HME)、中間ME(IME)、低ME(LME)、および通常のME(NME)に分類されたことが明らかになった。 5個のFAP腫瘍(2個の癌と3個の腺腫)はIMEとクラスター化されたが、18個のFAP腫瘍(5個の癌と13個の腺腫)はNMEにクラスター化された。 IME FAP腫瘍は散発性大腸癌と同様に、KRAS変異と有意に相関していた。ただし、IME内におけるDNAメチル化頻度は、FAP腫瘍は散発性腫瘍よりも有意に低く、これらの非メチル化遺伝子には、WNTファミリー遺伝子およびいくつかの発癌関連遺伝子が含まれていた。以上のことから、FAP腫瘍は少なくとも、異常なメチル化を示さないNMEタイプと、KRAS変異を伴うIMEタイプの2つの分子サブタイプに分類され、散発性腫瘍よりもDNAメチル化頻度が低いことから、散発性腫瘍とは異なる腫瘍形成経路をたどるといえる。
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Oncogene
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10.1038/s41388-019-0856-9
Journal of Human Genetics
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https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/furukawa/research/