| 研究課題/領域番号 |
17K16915
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
武本 憲彦 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (20636485)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | HPV陽性中咽頭癌 / RNAシークエンス |
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| 研究実績の概要 |
当教室で凍結保存している中咽頭癌検体はHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体は50検体、HPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体は51検体、HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体は8検体となった。抽出RNAのクオリティチェックをしたところ解析に耐えうる検体は48検体であると判断、さらにこれら48検体に関してrRNA Depletion kit、Poly(A) mRNA Magnetic Isolationを用いて各々の検体のcDNAライブラリーを作成した。最終的にライブラリー化した内訳としてはHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体は23検体、HPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体は21検体、HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体は4検体であった。しかしクオリティースコアが低値であること、CDK2NAの発現確認ができなかったためシーケンスの解析対象としてはHPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体は14検体、HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体は2検体を対象としてMacrogen社に先行で外注しRNA-seqを施行したが、有意な遺伝子発現の差異は認めなかった。
HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体が希少であるため、HPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体とHPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体を対象として、両者を対象とし先行比較解析を現在行い、現在シークエンス解析中である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
凍結保存していた全検体のRNAクオリティ精査を複数回にわたり行い、最終的にRNA-seqに使用できる検体を綿密に明らかにするための時間が非常にかかった。
シークエンスクオリティスコアのスコア検定を複数回行ったことや、対象検体全てにCKDN2A発現確認をリアルタイムPCRで行ったことで時間を要した。
解析対象である凍結保存検体が古いものが含まれており、解析に耐えうるのものが少なかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
結果的にRNA-seq解析が可能であったHPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体は2検体のみであり、新たな追加検体も1検体と希少であったため、まずHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体、HPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体を対象としたシーケンスの比較解析を先行して行い、HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体の数が増えた時点で上記2者のprofilingの結果に追加比較を行うこととしている。現在までにHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体10検体、HPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体14検体がクオリティチェックをクリアし、現在、シークエンス解析中である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
（理由）平成30年度に行ったRNA-seq解析では検体数が乏しく、新たな追加検体が調達できるまで予想以上に時間を要してしまい、その後に施行予定であった解析が行えなかったため未使用額が生じた。
（使用計画）さらに新たに得られるであろうHPV-DNA陰性p16陽性検体の数が十分量に達すれば追加でRNAseq解析を行うこととし未使用額はその経費に充てたい。
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