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最終的にはHPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体は14検体、HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体は4検体、HPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体10検体としてを対象としてMacrogen社に先行で外注しRNA-seqを施行した。
HPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体とHPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌検体の比較ではPI3K-AKT-mTOR pathwayにかかわる遺伝子72遺伝子が2fold以上の発現差が認められたが、そのうちAKT系シグナル遺伝子はHPV陰性癌に発現上昇がみられたがmTOR系のシグナルの遺伝子群は差異がなかった。これらの遺伝子の発現差はHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体とHPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体の間では差異が認められなかった。このことより、両者の遺伝子背景が近いことを示唆すると考えられた。さらにHPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌よりHPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌ではCD70というリンパ球のエフェクター機能を調節する遺伝子の発現が2fold以上認められた。CD70は細胞障害性T細胞の活性化によっても発現上昇を認めることが報告されており、HPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌のほうがHPVのウイルス抗原をshare抗原としてよりT細胞の活性化を強めていると考えられた。過去のHPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌とHPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌とHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌のラフィン検体をそれぞれ10検体ずつ用いてCD70の免疫染色を行ったところ、HPV-DNA陽性p16陽性中咽頭癌は陽性検体が6検体に対し、HPV-DNA陰性p16陽性中咽頭癌検体は2検体で強陽性であった。しかしHPV-DNA陰性p16陰性中咽頭癌検体で7検体で陽性（ただし強陽性の検体はなし）であった。
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