| 研究課題/領域番号 |
17K17053
|
|---|
| 研究機関 | 広島大学 |
|---|
研究代表者 |
田邉 優子 広島大学, 病院(医), 助教 (60793445)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
|
| キーワード | 肺炎 / ウイルス / 次世代シークエンサー |
|---|
| 研究実績の概要 |
呼吸不全の原因となる微生物は、細菌、ウイルス、真菌など多岐に渡る。従来の培養検査などでは病原微生物の検出に至らない症例が多く認められる。また、嫌気性菌は培養困難であり、一定量の嫌気性菌が存在しても培養検査で検出できない可能性がある。次世代シークエンス手法を用いた解析では、培養検査では検出できない嫌気性菌を検出可能であった報告もあり、次世代シークエンス手法は病原体検出目的のため、有用な手段であることが示唆される。具体的な手法としては、細菌は16s rRNA遺伝子内に可変領域が存在している。その部分の遺伝子配列を網羅的に解析することで細菌の特定が可能となる。ウイルスについてはDNA・RNAの遺伝子配列を解析する。本研究では次世代シークエンス技術を用いた、原因微生物の検索を目的とする。
検体の集積については、本年を通じて着実に集積することが可能であった。目標の検体数はほぼ達成された。
現在までに、肺胞洗浄液からの細菌DNAの抽出、細菌DNAを用いた次世代シークエンス法による気道細菌の解析方法を確立した。患者の臨床データを参照に、喀痰培養検査結果と一致する結果が得られることを確認した。集積した全検体の解析は全て完了はしていないため、今後の継続した解析が必要である。
また、ウイルスに関しては、ウイルスDNA・RNAの抽出することが可能であった。しかし、次世代シークエンスでの解析は可変領域がないため、その方法を条件検討している。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
細菌DNAを用いた次世代シークエンスでは、呼吸不全の原因となりうる、DNA量の多い細菌の特定はできていない。その理由として、検体の集積は可能であったが、集積した検体全てを解析できていないことによると考えられる。
また、ウイルスの次世代シークエンスについては、核酸の抽出は可能であったが、メタゲノム解析方法は困難な点が多く、方法の確立はできていない.
|
| 今後の研究の推進方策 |
細菌DNAについては、前年度で集積した検体を用いて、細菌叢解析を継続して行う。
ウイルスのメタゲノム解析については、手法の確立を目指すべく条件検討を引き続き行う。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
集積した検体すべてを解析に回すことができなかったため、解析にかかると見込んでいた費用を、次年度に使用させていただき、残りの検体で次世代シークエンス解析を行う。
|
