| 研究課題/領域番号 |
17K17381
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| 研究機関 | 昭和大学 |
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研究代表者 |
宮久保 あや子 昭和大学, 歯学部, 助教 (50643706)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | メタゲノム解析 / 口腔内細菌 / 内頚動脈狭窄症 |
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| 研究実績の概要 |
近年、アテローム性動脈硬化症などの病変部より口腔内細菌が検出され、口腔内細菌叢と動脈硬化の関連が注目されているが、明確な結論が得られていない。本研究は、内頚動脈狭窄症と口腔内細菌叢との関連性を解明し、特異的口腔内細菌に対した効果的な周術期口腔機能管理のプロトコールを確立することを目的とする。
本年度の研究実績は、口腔内プラークと内頚動脈狭窄症の内膜に付着したプラーク及び血栓（アテローム性プラーク）のサンプル計54例からDNA抽出を行い、全ての細菌が持つとされている16SrRNA領域プライマーを設計し、PCR（V4領域の増幅）を行い、PCR産物を電気泳動し増幅物の有無を確認した。DNA抽出の段階で次世代シークエンスに全サンプルを提出するには、細菌の有無が分からない段階だったため行わずに、PCR産物にて増幅物を認めたサンプルのみTAクローニングを行い、得られた配列データの相同性検索から菌種の同定を行った。
前年度では、菌種の同定を行った5例に対し、更に次世代シークエンスを行い、菌種の同定を網羅的に行った。今年度は更に9例に対し、次世代シークエンスを行い、菌種の同定を行っている段階である。
また、前年度に次世代シークエンスで得られた5例に対し網羅的に菌種同定を行ったが、TAクローニング後に得られた菌種量とは比較できないほど多種多様な細菌を認めた。次世代シークエンスにて網羅的に検出した細菌の正確性を検討するために検出された細菌の中で代表的なStreptococcus属の特異的なプライマーを作成し検証した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
次世代シークエンスの結果で検出されて細菌と自身でのTAクローニングを行い細菌同定で検出された細菌の種類に相違があり、正確性の検証に時間がかかった。
更に、全検体54例中5例のみ次世代シークエンスを行ったが、それ以外にもPCR産物で何らかなの細菌がいる可能性があるサンプルを追加で次世代シークエンスするための準備を行い、研究に遅れがでてしまった。
また、新型コロナの影響で次世代シークエンスを依頼している外部業者での発注の制限があるため、早期に結果がでない状態である。
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| 今後の研究の推進方策 |
追加で行っている9例の次世代シークエンスの結果を検証し、今までの結果をふまえ、研究成果をまとめ、早急に論文や学会発表を行っていきたい。
また患者の口腔内状況を統計的に検証し、内頚動脈狭窄症患者と口腔内環境に相関性があれば特有の口腔のケアとしてプロトコール作成を行っていく予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
次年度の使用額が生じた理由としては、前年度の研究では現在ある物品で賄えたからである。また、新たに次世代シークエンスを行うための前処置を行っていたため使用額が生じなかった。
次年度の使用計画としては、追加の次世代シークエンスを行い、網羅的な菌種の同定を行う。得られた結果より学会などで情報収集を行い、論文の作成と研究発表を行っていきたい。
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