| 研究課題/領域番号 |
17K17626
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
園芸科学
遺伝育種科学
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| 研究機関 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 (2018)
筑波大学 (2017) |
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研究代表者 |
矢野 亮一 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 主任研究員 (00443044)
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| 研究協力者 |
江面 浩
野中 聡子
藤内 直道
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | ゲノム科学 / トランスクリプトーム解析 / 菌叢解析 / フィールドオミックス |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、うどんこ等のウリ科植物病害に特に弱いマスクメロン品種を対象として、実際の農業生産現場と同等の温室環境にて採取されたRNA-seqデータをベースに植物付着菌類と植物トランスクリプトームを一斉解析するためのバイオインフォマティクス手法を検討した。リボソームRNAによる菌叢解析にて検出された真菌類についてパブリックデータベースから近縁のゲノム配列情報を網羅的に収集し、これをリファレンスとすることでRNA-seqから菌叢情報と植物体トランスクリプトームを一斉解析する解析パイプラインを考案した。また、本研究で取得したRNA-seq情報は新規に解読したメロンゲノムの遺伝子推定にも活用した。
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| 自由記述の分野 |
バイオインフォマティクス
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ウリ科植物には、メロンの他にカボチャ、キュウリなど農業生産上重要な園芸作物が存在する。いずれもうどんこ等の病原菌への抵抗性が望まれる作物であり、本研究で考案したRNA-seqに基づく一斉解析の手法はこれらのウリ科作物の研究においても応用が可能である。今後、より大規模なRNA-seqデータを圃場環境で収集した際には、菌類のプロファイルとトランスクリプトーム情報の統合解析が実施できると考えている。このような試みで得られた遺伝子解析情報は、将来の病害抵抗性品種の育成や重要遺伝子の発見のために役立つことが期待される。
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