研究課題
課題２ トランスクリプトームによる遺伝子発現解析課題１で区分されたフィリピンで採取したネッタイシマカ個体の「デングウイルス感染蚊（血清型 2型と4型のみ検出）」，「ボルバキア感染蚊」，「非感染蚊（いずれにも感染していない）」の３つの系について，次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行った。。それぞれの系からランダムに選んだ複数個体を実験に使用した。トランスクリプトーム解析は，磁気ビーズ法によりメッセンジャーRNA（mRNA）のみを単離・精製して行った。得られたmRNAを平均200塩基程度に断片化し，cDNAに逆転写した。次世代シーケンサー（Hiseq 4000）で塩基配列を解読する際に各個体を識別するインデックスタグが含まれるアダプターをcDNA断片に付加し，最後にPCR増幅してmRNAライブラリーを準備した。そして，次世代シークエンサーでmRNAライブラリーの配列データを取得した。課題３ バイオイフォマティックスによるウイルス感染防御遺伝子のゲノムワイド検索課題２の次世代シークエンシング解析で得られた遺伝子発現データのバイオイフォマティックス解析を行った。まず，クオリティフィルタリングにより解読エラーの可能性が高い配列データを除去した。その後，デノボアッセンブリー解析により，ネッタイシマカゲノム上に得られた配列データを整列した。「デングウイルス感染蚊」と「非感染蚊」を比較してデングウイルス感染下でmRNAのコピー数が相対的に高まったり（Up-regulation）低下した（down-regulation）遺伝子群を見つけることができた。mRNAレベルで応答する遺伝子候補である可能性が高い。また，得られた遺伝子配列データから，デングウイルスの配列も一部発見され，分析したネッタイシマカへの感染の事実が遺伝子発現の観点から裏付けられた。
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すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 5件、 オープンアクセス 5件、 査読あり 4件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 10件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (2件) 学会・シンポジウム開催 (1件)
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