環境DNAに基づく漁業資源変遷史の復元法を開発するため、貧酸素海域の東京湾において採水、採泥、小型底曳網漁船による魚類採集の調査を実施し、環境DNA分析と採集調査による魚類相推定法を対照した。海水の環境DNA分析では、採集調査と比べて広範な分類群が検出され、希少種や外来種の存在も効率的に把握できることが明らかとなった。一方、軟骨魚類などの魚種に対しては環境DNAの検出力は低く、生息種をすべて検出することはできなかった。海底コアの環境DNA分析では、海底から数十cmの堆積層まで魚類のDNAが検出されたことから、東京湾の海底泥の堆積速度を考慮すると、環境DNAが長期間保存される可能性が示唆された。
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