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2017 年度 実施状況報告書

高速AFMによる張力依存的な生体分子の動的振舞いの直接観察

研究課題

研究課題/領域番号 17K19345
研究機関金沢大学

研究代表者

古寺 哲幸  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (30584635)

研究期間 (年度) 2017-06-30 – 2020-03-31
キーワード一分子イメージング / 高速AFM / 生体分子 / モータータンパク質 / 細胞骨格 / DNA結合タンパク質
研究実績の概要

タンパク質や核酸といった生体分子の多くは、それらに内外から働く張力や圧縮力といった力学的な負荷によって、機能発現や反応速度が変調されていることが知られてきている。高速AFMで観察中の生体分子に力学的負荷を加えられれば、その変調のメカニズムを詳細に理解できることが期待される。
そこで、生体分子に外力を与えながらAFM観察ができるように、新規高速AFM用スキャナーシステムの開発に取り組んでいる。従来のイメージング用スキャナーと独立で動作するマニピュレーション(外部操作)用スキャナーを追加し、そのスキャナーに取り付けられたキャピラリープローブを用いて観察対象に外力を与える仕組である。
上記のマニピュレーション機能が付いたスキャナーシステムの機械部と電子制御部の設計と組み立てを行い、原理検証の実験を行った。その結果、高速AFM観察を行いながら、マニピュレーションプローブで観察対象の一部をマニピュレーションすることに成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初計画していたシアーモードピエゾを利用したマニピュレーション機構を試したが、この機構では、実験系の構築に高度なハンドスキルが要求されることと、大きな張力負荷を観察対象に与えることが難しいことが判明した。そこで、高速AFMのイメージング用スキャナーと同じ走査性能を持ったマニピュレーション用のスキャナーをイメージング用スキャナーの近傍に配置し、そこからマニピュレーションプローブをイメージング用スキャナーに伸ばすという実験系を作ることにした。マニピュレーション機能が付いたスキャナーシステムの機械部と電子制御部の設計と組み立てにを行い、原理検証の実験を行った。その結果、高速AFM観察を行いながら、マニピュレーションプローブで観察対象の一部をマニピュレーションすることに成功したため。ただし、マニピュレーションできたのはX方向の1軸だけで、Y軸、Z軸についてはコントロールできなかった。XYZ軸すべてにコントロールできるような工夫が必要である。

今後の研究の推進方策

原理検証には成功したが、XYZ軸に方向に自由に張力負荷用のマニピュレーターをコントロールすることには成功していない。この原因は、マニピュレーター用のプローブの設置が実験者のハンドスキルに依存していて、プローブの先端とAFM観察用のステージとの接触状況を正確にコントールできないことにある。そのため、摩擦力が大きい方向にはマニピュレーションプローブを動作することが難しくなっている。この問題を解決するために、今後はマニピュレーションプローブとAFM観察用のステージとの接触状況を検知するシステムを導入する。また、マニピュレーションプローブの先端径は200 nm程度となっており、タンパク質レベルのマニピュレーションには程遠い状況なので、このサイズダウンを図る。また開発した実験系を用いて応用実験を開始する。

次年度使用額が生じた理由

マニピュレーター付スキャナーの開発を進めたところ、当初購入を予定していた備品(ピエゾドライバー)を購入することなく、目的が実現できることが判明した。これにより、当該助成金が生じた。翌年度は、生じた助成金を合せることで、マニピュレーターに働く力を検出しながら、マニピュレーターをスキャナーにセットできるプラットフォームを導入することを計画している。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Negatively Charged Lipids Are Essential for Functional and Structural Switch of Human 2-Cys Peroxiredoxin II2018

    • 著者名/発表者名
      Haruyama Takamitsu、Uchihashi Takayuki、Yamada Yutaro、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Konno Hiroki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 430 ページ: 602~610

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2017.12.020

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High-Resolution Imaging of a Single Gliding Protofilament of Tubulins by HS-AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Keya Jakia Jannat、Inoue Daisuke、Suzuki Yuki、Kozai Toshiya、Ishikuro Daiki、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Kabir Arif Md. Rashedul、Endo Masayuki、Sada Kazuki、Kakugo Akira
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 6166

    • DOI

      10.1038/s41598-017-06249-1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Loss of Nuclear Pore Resilience as a Dying Code in Colorectal Cancer Cells2017

    • 著者名/発表者名
      Mohamed Mahmoud Shaaban、Kobayashi Akiko、Taoka Azuma、Watanabe-Nakayama Takahiro、Kikuchi Yosuke、Hazawa Masaharu、Minamoto Toshinari、Fukumori Yoshihiro、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 11 ページ: 5567~5578

    • DOI

      10.1021/acsnano.7b00906

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Shibata Mikihiro、Nishimasu Hiroshi、Kodera Noriyuki、Hirano Seiichi、Ando Toshio、Uchihashi Takayuki、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 ページ: 1430

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01466-8

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Na+-induced structural transition of MotPS for stator assembly of the Bacillus flagellar motor2017

    • 著者名/発表者名
      Terahara Naoya、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Ando Toshio、Namba Keiichi、Minamino Tohru
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 3 ページ: eaao4119

    • DOI

      10.1126/sciadv.aao4119

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Structural study on Trigger Factor chaperone: Substrate recognition and foldase activity2017

    • 著者名/発表者名
      Tomohide Saio, Noriyuki Kodera, Charalampos G Kalodimos, Koichiro Ishimori
    • 学会等名
      International Symposium on Protein Quality Control
    • 国際学会
  • [学会発表] HS-AFM Observations of Protein Dynamics on 3D-patterned Substrate2017

    • 著者名/発表者名
      Akane Goto, Mikihiro Shibata, Ayumi Sumino, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Physical heterogeneity of bacterial membrane vesicles revealed by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Kikuchi, Tatunori Kiyokawa, Kana Morinaga, Yuuma Susa, Yasuda Marina, Hibiki Okuwaki, Ryukou Souma, Nozomu Obana, Masanori Toyohuku, Nobuhiko Nomura, Noriyuki Kodera, Toshio Ando, Yoshihiro Fukumori, Azuma Taoka
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Two-dimensional crystals of tamavidin 2 for a quick and easy method of immobilization of biotinylated biomolecules2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Noshiro, Noriyuki Kodera, Toshio Ando
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Direct observation of proteins-lipid membrane interactions depending on the physical shape of lipid membrane by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Toyoda, Akane Goto, Ayumi Sumino, Mikihiro Shibata, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Loss of Nuclear Pore Selective Barrier Revealed by High-Speed Atomic Force Microscopy in Colorectal Cancer Cells2017

    • 著者名/発表者名
      Mahmoud Shaaban Mohamed, Akiko Kobayashi, Azuma Taoka, Takahiro Watanabe-Nakayama, Yosuke Kikuchi, Masaharu Hazawa, Toshinari Minamoto, Yoshihiro Fukumori, Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, Richard Wong
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural dynamics of the intrinsically disordered protein CAMP revealed by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Narita, Masanori Ikeda, Kozo Tanaka, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] High speed AFM imaging of structural changes in actin filaments bound tropomyosin-troponin in presence of myosin S1 and ATP2017

    • 著者名/発表者名
      Kien Xuan Ngo, Taro QP Uyeda, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Real time observation of Trigger Factor assisted protein folding using high-speed atomic force microscope2017

    • 著者名/発表者名
      Taiji Namba, Tomohide Saio, Koichiro Ishimori, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Real-time imaging of Na+-induced structural transitions of MotPS stator complex of flagellar motor by HS-AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Naoya Terahara, Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, Keiichi Namba, Tohru Minamino
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Kodera, Daisuke Noshiro, Sujit Dora, Toshio Ando
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] High-Speed AFM Observation of Domain Flexibility Related to Enzymatic Function of CRISPR-Cas92017

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi, Mikihiro Shibata, Hiroshi Nishimasu, Noriyuki Kodera, Seiichi Hirano, Toshio Ando, Osamu Nureki
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによる生体分子の動態観察2017

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸、安藤敏夫
    • 学会等名
      平成29年金沢大学十全医学会学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] 天然変性タンパク質CAMPを含む複合体の機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      田中耕三、池田真教、藤田拡樹、古寺哲幸、安藤敏夫、家村顕自、永井正義
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによる生体分子のビデオ観察2017

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      第 31 回分子シミュレーション討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速 AFM による生体分子の形状と動きの同時観察2017

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      第1271回ウイルス・再生医科学研究所セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] New insight into the functional switching of 2-Cys Preoxiredoxin revealed by high-speed atomic force microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Konno, Takamitsu Haruyama, Takayuki Uchihashi, Yutaro Yamada, Noriyuki Kodera, Toshio Ando
    • 学会等名
      Annual Biotechnology Congress
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery2018

    • 著者名/発表者名
      Uyeda, Taro Q. P. Ngo, Kien Xuan Kodera, Noriyuki Tokuraku, Kiyotaka
    • 総ページ数
      157-177
    • 出版者
      Springer Singapore
    • ISBN
      978-981-10-8459-1
  • [備考] はかる 第3回

    • URL

      https://www.jst.go.jp/pr/jst-news/pdf/2017_08/2017_08_p12-13.pdf

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公開日: 2018-12-17  

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