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2018 年度 実施状況報告書

高速AFMによる張力依存的な生体分子の動的振舞いの直接観察

研究課題

研究課題/領域番号 17K19345
研究機関金沢大学

研究代表者

古寺 哲幸  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (30584635)

研究期間 (年度) 2017-06-30 – 2020-03-31
キーワード一分子イメージング / 高速AFM / 生体分子 / モータータンパク質 / 細胞骨格 / DNA結合タンパク質
研究実績の概要

タンパク質や核酸といった生体分子の多くは、それらに内外から働く張力や圧縮力といった力学的な負荷によって、機能発現や反応速度が変調されていることが知られてきている。高速AFMで観察中の生体分子に力学的負荷を加えられれば、その変調のメカニズムを詳細に理解できることが期待される。そこで、生体分子に外力を与えながらAFM観察ができるように、新規高速AFM用スキャナーシステムの開発に取り組んでいる。従来のイメージング用スキャナーと独立で動作するマニピュレーション(外部操作)用スキャナーを追加し、そのスキャナーに取り付けられたキャピラリープローブを用いて観察対象に外力を与える仕組である。昨年度までに原理検証の実験には成功していたが、XY方向に自由にマニピュレーターを移動できない、マニピュレーター先端径が200nm程度と生体分子の大きさに比べて大きいという問題があった。今年度は、これらの問題を解決するために、組立プロトコールを徹底的に見直した。具体的には、マニピュレーターを自由に移動できない理由となっていたマニピュレーター先端とAFM観察基板間に働く摩擦力を軽減させるための工夫を行った。マニピュレーターの保持部と先端までの長さ、基板との接触角、基板との接触距離をパラメーターとして摩擦力が小さくなる工夫を行った。また、マニピュレーター先端がハンドリング中に破壊されてしまうという問題が起こっていたが、液中内でマニピュレーターをハンドリングすることで、先端形状を保ったまま組み立てることができることを見出した。その結果、30nm程度に先鋭化したマニピュレーターを用いて、XY軸に自由にマニピュレーションできる性能を持たすことに成功し、アクチン線維のハーフヘリカルピッチを観察しながら、アクチン線維を移動できる性能を持たせることができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

昨年度までに、開発したマニピュレーション機能が付いたスキャナーで350nmのポリスチレンビーズなど、比較的大きな物体をAFM観察下でマニピュレーションできる性能を実現していた。しかし、(1)マニピュレーターはX軸方向にしか動かせず、XY方向(AFM基板面)に自由に動かすことができない。(2)マニピュレーターの先端径が200 nm程度と一般的な生体分子に比べて非常に大きい。という問題があった。(1)の問題は、マニピュレーターとAFM基板間に生じる摩擦力が大きいために生じていることを特定した。そこで、摩擦力をできるだけ抑える工夫、摩擦力が生じても摩擦力に打ち勝ってマニピュレーターを動かせる工夫を施し、解決することができた。一方(2)の問題は、マニピュレーターを製作する際にマニピュレーター先端に機械的な振動力が伝わることで、先端が破壊されてしまうために起こることを特定した。そこで、機械的な振動エネルギーがマニピュレーターを囲う媒体に移動し、マニピュレーター先端に伝わらないような工夫を施し、解決できた。以上の組立プロトコールの見直しを行うことで、30nm程度に先鋭化したマニピュレーターを用いて、XY軸に自由にマニピュレーションできる性能を持ったマニピュレータースキャナーを実現することができた。以上の一連の開発結果をもとに特許申請を行った。現在、実現したスキャナーを用いて、アクチン線維などに外力を加え、それに応じた形状変化を観察している段階である。これまでにアクチン線維のハーフヘリカルピッチを観察しながら、アクチン線維を移動できることが実証されている。

今後の研究の推進方策

プロトタイプのスキャナー部品をいくつか開発したり、マニピュレーターニードルの固定法、組立法を工夫することで、概ね当初計画していたマニピュレーター機能を持った高速AFM用スキャナーを開発することに成功している。今後は、組立プロトコールのさらなる洗練化を行いつつ、実験効率の向上に関わる工夫((i)マニピュレーターステージのクリーニングによる再利用の可能性、(ii)マニピュレーターを簡便にコントロールできるコントローラーの導入)を行い、バイオ応用実験を進めていく予定である。バイオ応用研究として、まずは、アクチン線維の観察に応用することで、外力依存でアクチン線維の螺旋構造が変化するかを直接捉えたり、アクチン結合タンパク質の相互作用がアクチン線維に加わる張力によって変調されるかを検証する実験を行う予定である。この場合、アクチン線維の一端をAFM基板に固定、もう一端はマニピュレーターに固定するといった工夫が必要になるが、観察基板の条件(脂質膜の濃度や脂質膜の構成比の調製)や溶液条件(溶液の塩強度やpHの調製)、マニピュレーター表面の化学修飾などを検討することによって、研究を推進していく予定である。また、開発したマニピュレーター付スキャナーは、タンパク質分子だけでなく、細胞小器官や細胞の外力印加による応答を観察することにも応用可能である。まずは、取扱いの容易な細菌をターゲットとして、応用研究を進めていくことも計画している。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 4件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 4件、 招待講演 9件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] KU Leuven(ベルギー)

    • 国名
      ベルギー
    • 外国機関名
      KU Leuven
  • [国際共同研究] University of Paris Diderot(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      University of Paris Diderot
  • [国際共同研究] University of Michigan/UAB Medical Center(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of Michigan/UAB Medical Center
  • [国際共同研究] LMU Munich(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      LMU Munich
  • [雑誌論文] Direct visualization of avian influenza H5N1 hemagglutinin precursor and its conformational change by high-speed atomic force microscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Lim Kee Siang、Mohamed Mahmoud Shaaban、Wang Hanbo、Hartono、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Voon Dominic Chih-Cheng、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 ページ: 129313~129313

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.02.015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of the UHRF1 Tandem Tudor Domain Bound to a Methylated Non-histone Protein, LIG1, Reveals Rules for Binding and Regulation2019

    • 著者名/発表者名
      Kori, S. Ferry, L. Matano, S. Jimenji, T. Kodera, N. Tsusaka, T. Matsumura, R. Oda, T. Sato, M. Dohmae, N. Ando, T. Shinkai, Y. Defossez, P. A. Arita, K.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.11.012

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-Unit Imaging of Membrane Protein-Embedded Nanodiscs from Two Oriented Sides by High-Speed Atomic Force Microscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Haruyama, T. Sugano, Y. Kodera, N. Uchihashi, T. Ando, T. Tanaka, Y. Konno, H. Tsukazaki, T.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 ページ: 152-160

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.09.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimum Substrates for Imaging Biological Molecules with High-Speed Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Uchihashi, T. Watanabe, H. Kodera, N.
    • 雑誌名

      Methods in molecular biology

      巻: 1814 ページ: -

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-8591-3_10

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Insight into structural remodeling of the FlhA ring responsible for bacterial flagellar type III protein export2018

    • 著者名/発表者名
      Terahara, N. Inoue, Y. Kodera, N. Morimoto, Y. V. Uchihashi, T. Imada, K. Ando, T. Namba, K. Minamino, T.
    • 雑誌名

      Science advances

      巻: 4 ページ: eaao7054

    • DOI

      10.1126/sciadv.aao7054

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Real-Time Monitoring of Lipid Exchange via Fusion of Peptide Based Lipid-Nanodiscs2018

    • 著者名/発表者名
      Ravula, Thirupathi Ishikuro, Daiki Kodera, Noriyuki Ando, Toshio Anantharamaiah, G. M. Ramamoorthy, Ayyalusamy
    • 雑誌名

      Chemistry of Materials

      巻: 30 ページ: 3204-3207

    • DOI

      10.1021/acs.chemmater.8b00946

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct Imaging of Walking Myosin V by High-Speed Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Kodera, N. Ando, T.
    • 雑誌名

      Methods in molecular biology

      巻: 1805 ページ: 103-122

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-8556-2_6

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Unconventional Imaging Methods to Capture Transient Structures during Actomyosin Interaction2018

    • 著者名/発表者名
      Katayama, E. Kodera, N.
    • 雑誌名

      International journal of molecular sciences

      巻: 19 ページ: -

    • DOI

      10.3390/ijms19051402

  • [雑誌論文] Free Energy Landscape and Dynamics of Supercoiled DNA by High-Speed Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Brouns, T. De Keersmaecker, H. Konrad, S. F. Kodera, N. Ando, T. Lipfert, J. De Feyter, S. Vanderlinden, W.
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 12 ページ: 11907-11916

    • DOI

      10.1021/acsnano.8b06994

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 高速AFM用凹凸基板の改良とその応用実験2019

    • 著者名/発表者名
      上田 健太、石黒 大輝、角野 歩、柴田 幹大、古寺 哲幸
    • 学会等名
      平成30年度日本生物物理学会中部支部講演会
  • [学会発表] マニピュレーター機能付き高速AFMスキャナーの開発2019

    • 著者名/発表者名
      髙野 純、執行 航希、開発 秀星、田嶋 将、渡辺 信嗣、安藤 敏夫、古寺 哲幸
    • 学会等名
      平成30年度日本生物物理学会中部支部講演会
  • [学会発表] High-speed AFM imaging of bio-molecules in dynamic action2018

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      International IPR Seminar
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Interpretation of HS-AFM images using coarse-grained molecular dynamics simulation2018

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      Workshop “Trends in Computational Molecular Biophysics”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMを用いた生体分子の動態観察2018

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      第 169 委員会 第 56 回研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMの開発とそのバイオ応用に魅せられて2018

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      生化学若い研究者の会 北陸支部 夏の研究セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule visualization of intrinsically disordered Rett syndrome protein, MeCP2 by high-speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      古寺 哲幸, Kalashnikova Anna, Porter-Goff Mary E, 安藤 敏夫, Hansen Jeffrey C.
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMと計算科学の融合の試み2018

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Video imaging of proteins at work by high-speed Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Kodera, Toshio Ando
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Movement of Gliding Motors in Mycoplasma mobile Visualized by High-speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      Kohei Kobayashi, Noriyuki Kodera, Yuhei O Tahara, Takuma Toyonaga, Taishi Kasai, Toshio Ando, Makoto Miyata
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第61回シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによるバクテリアの膜小胞の一粒子物性解析2018

    • 著者名/発表者名
      菊池 洋輔, 尾花 望, 豊福 雅典, 野村 暢彦, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫, 福森 義宏, 田岡 東
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第61回シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Gliding Machinery of Mycoplasma mobile Visualized by High-speed Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Kohei Kobayashi, Noriyuki Kodera, Yuhei O Tahara, Takuma Toyonaga, Taishi Kasai, Toshio Ando, Makoto Miyata
    • 学会等名
      Joint Congress of 7th AOM, 45th JSM
    • 国際学会
  • [学会発表] High-speed AFM imaging revealed the physical diversity of membrane vesicles produced from Gram-negative and Gram-positive bacteria2018

    • 著者名/発表者名
      菊池 洋輔, 尾花 望, 豊福 雅典, 野村 暢彦, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫, 福森 義宏, 田岡 東
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Live Imaging of Single-Molecules under External Force using Tip-Scan High-Speed AFM Combined with Optical Tweezers2018

    • 著者名/発表者名
      今村 元紀, 梅田 健一, 山中 信之介, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] High-speed AFM imaging of protein assembly-disassembly on curved membranes2018

    • 著者名/発表者名
      石黒 大輝, 後藤 朱音, 豊田 貴大, 角野 歩, 柴田 幹大, 古寺 哲幸
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural dynamics of the intrinsically disordered protein CAMP revealed by high-speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      成田 知恕, 池田 真教, 清水 将裕, 田中 耕三, 古寺 哲幸
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Gliding machinery of Mycoplasma mobile visualized by high-speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      小林 昂平, 古寺 哲幸, 田原 悠平, 豊永 拓真, 笠井 大司, 安藤 敏夫, 宮田 真人
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Development of a method for analyzing high-speed AFM observations by coarse-grained molecular dynamics simulation2018

    • 著者名/発表者名
      清水 将裕, 成田 知恕, 古寺 哲幸
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Development of high-speed AFM scanner with manipulator2018

    • 著者名/発表者名
      高野 純, 渡辺 信嗣, 安藤 敏夫, 古寺 哲幸
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Gliding Machinery of Mycoplasma mobile Visualized by High-speed Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Kohei Kobayashi, Noriyuki Kodera, Yuhei O Tahara, Takuma Toyonaga, Taishi Kasai, Toshio Ando, Makoto Miyata
    • 学会等名
      22nd Congress of the International Organization for Mycoplasmology
    • 国際学会
  • [学会発表] Observation of the dynamics associated with ubiquitination of HECT E3 ubiquitin ligase using High speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      室 郁弥, 小林 史典, 中山 隆宏, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫, 紺野 宏記
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Potent and highly cooperative inhibition of actin movement on HMM by actin binding domain of Rng22018

    • 著者名/発表者名
      早川 悠貴, ンゴー キエン, 古寺 哲幸, 上田 太郎
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Molecular Structures of Actin Filaments Bound with α-Actinin, Tropomyosin-Troponin and Myosin II Analyzed by High Speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      ンゴー キエン, 古寺 哲幸, 上田 太郎
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] High-speed AFM imaging of membrane protein embedded in Nanodisc2018

    • 著者名/発表者名
      春山 隆充, 菅野 泰功, 古寺 哲幸, 内橋 貴之, 安藤 敏夫, 田中 良樹, 紺野 宏記, 塚崎 智也
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Assignment of subunit components in motor evolved from F-ATPase for Mycoplasma mobile gliding2018

    • 著者名/発表者名
      豊永 拓真, 加藤 貴之, 川本 晃大, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫, 難波 啓一, 宮田 真人
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
  • [備考] 金沢大学 生物物理学研究室

    • URL

      http://biophys.w3.kanazawa-u.ac.jp/index.htm

  • [備考] 金沢大学 研究者情報

    • URL

      http://ridb.kanazawa-u.ac.jp/public/detail.php?id=3403

  • [備考] 金沢大学 WPIナノ生命科学研究所

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/

URL: 

公開日: 2019-12-27  

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