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2019 年度 実績報告書

電子線トモグラフィーと結晶学を組み合わせた膜タンパク質の構造解析手法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 17K19347
研究機関三重大学

研究代表者

谷 一寿  三重大学, 医学系研究科, 特任教授(研究担当) (20541204)

研究期間 (年度) 2017-06-30 – 2020-03-31
キーワードクライオ電子顕微鏡 / 電子線結晶学 / クライオトモグラフィー / 二次元結晶
研究実績の概要

膜タンパク質の立体構造を天然に近い脂質二重膜に埋まった状態で観察することは、その生理的機能を明らかにするうえで重要であると考えられている。このような構造解析としては、ナノディスクを用いた単粒子解析法や脂質二重膜中に再構成された膜タンパク質がシート状に整然と並ぶ二次元結晶を用いた電子線結晶解析が適している。本手法は、特に電子線結晶解析に不適な分解能の低い二次元結晶からでも立体構造を計算ができるようにするための道筋を作ることを目的としている。
本年度のテストデータとして、結晶性が高くない牛ミトコンドリア由来のF型ATPaseの二次元結晶をクライオ電子顕微鏡で撮影したものを使用した。非傾斜の実像から計算したフーリエ変換パターン(FFT)にはベシクル由来の2層結晶由来の回折パターンが確認されたが、分解能が低すぎるために反射点の指数付は難しく、傾斜像のFFTにいたって氷由来のバックグラウンドが高すぎて反射点を認識することは困難であった。
昨年度同様、クライオトモグラフィー法を用いて氷包埋された二次元結晶の傾斜シリーズデータを収集し、続いてトモグラフィー法を適用して二次元結晶そのものの三次元再構成を得た。得られた再構成データ(voxel)のなかで結晶性が比較的良好な領域を三次元的に選択し、in sillicoの二次元結晶由来の投影像を作製し、電子線結晶学解析を適用することで、各反射点の振幅と位相を抽出しフーリエ合成を計算しマップを得ることができた。最終的に得られた三次元再構成像と既知ホモログ構造由来のデンシティマップとの比較の結果、高い相関が認められたため、解析手法の正当性を評価することができた。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of undocked innexin-6 hemichannels in phospholipids2020

    • 著者名/発表者名
      Burendei Batuujin、Shinozaki Ruriko、Watanabe Masakatsu、Terada Tohru、Tani Kazutoshi、Fujiyoshi Yoshinori、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 ページ: eaax3157

    • DOI

      doi:10.1126/sciadv.aax3157

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into thermostabilization of leucine dehydrogenase from its atomic structure by cryo-electron microscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Hiroki、Kamegawa Akiko、Nakata Kunio、Kashiwagi Tatsuki、Mizukoshi Toshimi、Fujiyoshi Yoshinori、Tani Kazutoshi
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 205 ページ: 11~21

    • DOI

      doi:10.1016/j.jsb.2018.12.001

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた蛋白質の立体構造決定へ向けた技術開発と応用2019

    • 著者名/発表者名
      谷一寿
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるタンパク質構造解析とその展開2019

    • 著者名/発表者名
      谷一寿
    • 学会等名
      スマートセルイノベーション研究センター講演会
    • 招待講演

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公開日: 2021-01-27  

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