研究課題
これまで、m6Aメチル化RNAではDNAプローブの結合効率に若干差があることが報告されているが、その差が僅かであることから実用的ではなかった(Golovina et al, NAR, 2014)。そこで申請者は、この結合効率の差を広げる方策を練り、プローブ中のDNAの一部を人工核酸BNAに置き換えると (BNAプローブ)、結合効率の差が大きく拡大することを予備的に見いだした。このため、BNAプローブを一旦RNAに結合させ後に温度を上げ、RNAからプローブが50%解離する融解温度を測定すれば、この温度から任意の部位におけるRNAメチル化効率の定量が可能になるのではないかと着想し、実験を開始した。本年度は以下の２つの実験を進めた。1) 合成短鎖メチル化RNAを用いたm6Aメチル化効率定量法の確立：短いメチル化RNAと非メチル化RNAを合成し、これを様々な割合で混合した。これらを標的として、BNAプローブの融解温度を測定し、その温度から予測されるメチル化効率が、既知の割合と一致することを確認した。2) 大腸菌rRNAを用いたm6Aメチル化効率定量法の確立：次に、比較的発現量が多くメチル化部位が同定されている内在RNAとして大腸菌rRNAを選択した。メチル化酵素欠損株を入手し、あらかじめ高速液体クロマトグラフ質量分析法 (LC/MS法)を用いてメチル化効率を定量することで、検証に役立てた。その結果、BNAプローブを用いたメチル化効率定量法が内在RNAにも適用できることを確認した。今後は、より発現量の少ないRNA、特にヒトのRNAを基質として選択し、更に定量化手法の確立を行う。
2: おおむね順調に進展している
本年度は、予定していた計画を順調にクリアしたため、順調に進展していると判断した。
来年度は、より発現量の少ないRNAを基質として選択し、本手法の有効性を検証する。
すべて 2017 その他
すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (1件)
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