原因不明なメンデル遺伝疾患のRNAシークエンス解析による責任遺伝子の同定

2018 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 17K19536
• 研究機関: 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所)
• 研究代表者: 鶴崎 美徳 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所), 臨床研究所, 主任研究員 (70392040)
• 研究期間 (年度): 2017-06-30 – 2020-03-31
• キーワード: RNAシークエンス解析 / 疾患責任遺伝子

研究実績の概要

疾患責任遺伝子のイントロン領域に変異が認められているKabuki syndrome、2症例に対して、RNAシークエンス解析（RNA-Seq）を行った。得られたfastqデータを用いて、1.FastQC(version 0.11.7)によるクオリティーチェック、2.Trimmomatic(version 0.36)によるトリミング、3.再度FastQC(version 0.11.7)によるクオリティーチェック、4.Hisat2(version 2.1.0)によるreferenceゲノムへのマッピングを行った。その後、Integrative Genomics Viewerを用いて、スプライス異常の転写産物が検出された。さらにRNAよりRT-PCRを行い、スプライシング異常の確認を行った。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

2019年4月に所属機関の変更があり、実験機器の移動等が生じたため。現在は再開している。

今後の研究の推進方策

引き続き、疾患責任遺伝子のイントロン領域に変異が認められている、新たな症例に対してRNA-Seqを行い、既知責任遺伝子のスプライス異常、および発現量の変動を確認する。これらのいずれかが確認された場合には、当該検体の全領域のゲノム配列をサンガーシークエンスにかけることにより、エクソン以外の領域における配列の変化の有無を確認する。

次年度使用額が生じた理由

理由：当初予期していなかった実験上での遅れが生じたため。
使用計画：研究を遂行するための消耗品費、学会参加のための旅費に使用する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Novel COL4A1 mutation in a fetus with early prenatal onset of schizencephaly. (2018)
  • 著者名/発表者名: Sato Y, Shibasaki J, Aida N, Hiiragi K, Kimura Y, Akahira-Azuma M, Enomoto Y, Tsurusaki Y, Kurosawa K
  • 雑誌名: Hum Genome Var. 巻: 5 ページ: 4～4
  • DOI: 10.1038/s41439-018-0005-y.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Biallelic mutations of EGFR in a compound heterozygous state cause ectodermal dysplasia with severe skin defects and gastrointestinal dysfunction. (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashi S, Yokoi T, Hatano C, Enomoto Y, Tsurusaki Y, Naruto T, Kobayashi M, Ida H, Kurosawa K.
  • 雑誌名: Hum Genome Var. 巻: 5 ページ: 11～11
  • DOI: 10.1038/s41439-018-0011-0.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A novel AMER1 frameshift mutation in a girl with osteopathia striata with cranial sclerosis. (2018)
  • 著者名/発表者名: Enomoto Y, Tsurusaki Y, Harada N, Aida N, Kurosawa K.
  • 雑誌名: Congenit Anom (Kyoto). 巻: 58 ページ: 145～146
  • DOI: 10.1111/cga.12258.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nonsyndromic intellectual disability with novel heterozygous SCN2A mutation and epilepsy. (2018)
  • 著者名/発表者名: Yokoi T, Enomoto Y, Tsurusaki Y, Naruto T, Kurosawa K.
  • 雑誌名: Hum Genome Var. 巻: 5 ページ: 20～20
  • DOI: 10.1038/s41439-018-0019-5.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A novel SYNGAP1 variant in a patient with intellectual disability and distinctive dysmorphisms. (2018)
  • 著者名/発表者名: Kimura Y, Akahira-Azuma M, Harada N, Enomoto Y, Tsurusaki Y, Kurosawa K
  • 雑誌名: Congenit Anom (Kyoto). 巻: 58 ページ: 188-190
  • DOI: 10.1111/cga.12273.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Homozygous splicing mutation in NUP133 causes Galloway-Mowat syndrome. (2018)
  • 著者名/発表者名: Fujita A, Tsukaguchi H, Koshimizu E, Nakazato H, Itoh K, Kuraoka S, Komohara Y, Shiina M, Nakamura S, Kitajima M, Tsurusaki Y, Miyatake S, Ogata K, Iijima K, Matsumoto N, Miyake N.
  • 雑誌名: Ann Neurol. 巻: 86 ページ: 814～828
  • DOI: 10.1002/ana.25370.
  • 査読あり
• [学会発表] Novel COL4A1 mutation in a fetus with early prenatal onset of schizencephaly (2018)
  • 著者名/発表者名: Y. Tsurusaki, Y. Sato, J. Shibasaki, N. Aida, K. Hiiragi, Y. Kimura, M. Akahira-Azuma, Y. Enomoto, K. Kurosawa
  • 学会等名: European Society of Human Genetics 2018 Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] Causative novel USP9X variants in two Japanese patients with X-linked intellectual disability (2018)
  • 著者名/発表者名: Y. Tsurusaki, Y. Kuroda, H. Murakami, Y. Enomoto, Y. Kimura, Y. Yamanouchi, E. Kondoh, K. Ouchi, M. Masuno, K. Kurosawa
  • 学会等名: American Society of Human Genetics 2018 Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] De novo DPF2 variant in a Japanese patient with Coffin-Siris syndrome (2018)
  • 著者名/発表者名: Y. Tsurusaki, T. Uehara, T. Takenouchi, Y. Enomoto, K. Kosaki, K. Kurosawa
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第63回大会