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深海を含む地球環境には、いまだ同定されていない微生物が無数存在している。また、ヒト臨床検体において、形態学的には微生物らしきものが組織中に観察されるが培養や核酸の検出ができず正体が不明なケースがある。本研究では、電子顕微鏡により観察される微生物の遺伝情報を獲得するための方法論を構築することを目的とする。また、方法論が確立した後に、深海由来およびヒト臨床由来の試料を用いて、試料中に存在する微生物の遺伝情報の解析を行い、それらの遺伝情報について明らかにする。具体的には、微生物様構造の存在を確認した電子顕微鏡観察用の超薄切片から核酸を抽出し、そのドラフトゲノム配列を決定するまでのプロトコールの開発を目指す。
本年度の実績
昨年度までの検討によって得られた知見に従って、電子顕微鏡観察用に微生物を包埋した樹脂からの微生物ゲノムの回収、ゲノム増幅、およびゲノム解析をそれぞれ行なった。電子顕微鏡観察用に微生物を包埋した樹脂からの微生物ゲノムの回収のための方法について、至適プロトコールを決定することができた。ゲノム増幅に関しては、増幅を行うことにより非特異な配列の増幅がみられたものの、ドラフトゲノムを得ることが可能であった。また全ゲノム増幅法の至適プロトコールを決定することができた。以上のように、in situゲノム解析法の方法論構築という目標の各段階をおおよそ達成することができた。今後はこの方法論を用いて、さまざまな環境由来試料および臨床由来試料を検討していく予定である。
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