2018 年度研究成果報告書

ロングリードシーケンスによるフェージング解析に基づく複数遺伝子変異の役割の解明

研究課題

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研究課題/領域番号	17K19592
研究種目	挑戦的研究(萌芽)
配分区分	基金
研究分野	腫瘍学およびその関連分野
研究機関	国立研究開発法人国立がん研究センター
研究代表者	片岡圭亮国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (90631383)
研究協力者	白石友一古屋淳史木暮泰寛斎藤優樹
研究期間 (年度)	2017-06-30 – 2019-03-31
キーワード	癌 / ゲノム / 遺伝学
研究成果の概要	10X Genomics社やOxford Nanopore Technologies社のロングリードシーケンスを用いて、ATLを含む悪性腫瘍における複数変異の解析を行った。さらに、フェージング解析を行うためのCisCheckerというプログラムを作成し、同じ遺伝子に複数変異を認める場合に、それらがcisまたはtransに存在するか判定できる方法を確立した。これらの方法を用いて、ATLを含むいくつかの悪性腫瘍のがん遺伝子を検証したところ、多くがはcisに存在していることをを明らかにした。さらに、これらの機能解析を行い、がん遺伝子の複数変異により細胞増殖や下流シグナルが亢進することを明らかとした。
自由記述の分野	血液内科学
研究成果の学術的意義や社会的意義	上記の結果から、複数変異は様々ながん遺伝子に認められる比較的頻度が高い遺伝学的イベントであり、それらがcisに起こることで、がん遺伝子の機能増強に繋がる可能性が示唆された。この結果は、個別のがん遺伝子の機能の解明に繋がるだけでなく、「同一遺伝子における複数の活性型変異の獲得」の意義を示している。さらに、本研究で用いたロングリードシーケンス技術は、フェージング以外に、これまでのショートリードシーケンスでは困難であった「大きな欠失・挿入部位の解析」や「転座・融合部位の解析」を可能とする。そのため、今後のがんゲノム解析に必須の技術であり、その最新技術の応用方法の一つを示すことが出来た点に意義がある。