ゲノムコホートを対象にしたHLA-omicsに基づく薬剤副作用予防診断システム

2018 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17K19804
• 研究機関: 金沢大学
• 研究代表者: 細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)
• 研究期間 (年度): 2017-06-30 – 2019-03-31
• キーワード: HLA / 薬剤副作用 / コホート研究

研究実績の概要

主要組織適合遺伝子複合体 (Human leukocyte antigen; HLA)は免疫応答の入り口として自己と非自己を認識する分子であり、コードする遺伝子はヒトゲノムの中でも極めて高度な多様性を有することが知られている。さらにHLA遺伝子はその多型と薬剤副作用リスクとの強い関連から、個人のゲノム情報の中でも予防医学上重要な課題の一つである。本研究はHLA遺伝子の多型情報からHLA関連薬剤副作用を予測し、予防診断システムを構築することを最終的なゴールとして進めた。実施には、申請者の所属する金沢大学で進めている能登地域を対象にした1万人規模のゲノムコホートのサンプルの一部を用いた。2012年より始動したこのコホート研究は連携病院の電子カルテ情報を含み、薬剤副作用の情報を含むデータベースが稼働している。これら大規模ゲノムコホートのDNAサンプルを用いて、申請者がこれまでに開発してきたNGSを用いたHLA遺伝子の解析手法(Hirata et al. Nature Genetics 2019, Hosomichi et al. BMC Genomics 2014, Hosomichi et al.BMC Genomics 2013)を用いることによって、33のHLA遺伝子ならびに非HLA遺伝子(HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DMA、HLA-DMB、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DRB2、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DRB6、HLA-DRB7、HLA-DRB8、HLA-DRB9、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-H、HLA-J、HLA-K、HLA-L、HLA-V、MICA、MICB、TAP1およびTAP2)の遺伝子の完全長配列を1187検体について決定した。

研究成果

• [雑誌論文] Genetic and phenotypic landscape of the major histocompatibilty complex region in the Japanese population. (2019)
  • 著者名/発表者名: Hirata Jun, Hosomichi Kazuyoshi, Sakaue Saori, Kanai Masahiro, Nakaoka Hirofumi, Ishigaki Kazuyoshi, Suzuki Ken, Akiyama Masato, Kishikawa Toshihiro, Ogawa Kotaro, Masuda Tatsuo, Yamamoto Kenichi, Hirata Makoto, Matsuda Koichi, Momozawa Yukihide, Inoue Ituro, Kubo Michiaki, Kamatani Yoichiro, Okada Yukinori
  • 雑誌名: Nature genetics 巻: 51 ページ: 470-480
  • DOI: 10.1038/s41588-018-0336-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Escape hematopoiesis by HLA-B5401-lacking hematopoietic stem progenitor cells in men with acquired aplastic anemia. (2019)
  • 著者名/発表者名: Mahmoud I. Elbadry、Mizumaki Hiroki、Hosokawa Kohei、J. Luis Espinoza、Nakagawa Noriharu、Chonabayashi Kazuhisa、Yoshida Yoshinori、Katagiri Takamasa、Hosomichi Kazuyoshi、Zaimoku Yoshitaka、Imi Tatsuya、Mai Anh Thi Nguyen、Fujii Youichi、Tajima Atsushi、Ogawa Seishi、Takenaka Katsuto、Akashi Koichi、Nakao Shinji
  • 雑誌名: Haematologica 巻: Epub ahead of print ページ: 210856
  • DOI: 10.3324/haematol.2018.210856
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Aire Controls in Trans the Production of Medullary Thymic Epithelial Cells Expressing Ly-6C/Ly-6G. (2018)
  • 著者名/発表者名: Morimoto Junko, Nishikawa Yumiko, Kakimoto Takumi, Furutani Kohei, Kihara Naoki, Matsumoto Minoru, Tsuneyama Koichi, Kozono Yuko, Kozono Haruo, Hozumi Katsuto, Hosomichi Kazuyoshi, Nishijima Hitoshi, Matsumoto Mitsuru
  • 雑誌名: Journal of immunology 巻: 201 ページ: 3244-3257
  • DOI: 10.4049/jimmunol.1800950
  • 査読あり
• [雑誌論文] Orthognathic surgery induces genome-wide changes longitudinally in DNA methylation in saliva. (2018)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Tetsutaro, Hosomichi Kazuyoshi, Takahashi Masahiro, Haga Shugo, Nakawaki Takatoshi, Hikita Yu, Maki Koutaro, Tajima Atsushi
  • 雑誌名: Oral diseases 巻: 25 ページ: 508-514
  • DOI: 10.1111/odi.12998
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] High Order Formation and Evolution of Hornerin in Primates. (2018)
  • 著者名/発表者名: Romero Vanessa, Nakaoka Hirofumi, Hosomichi Kazuyoshi, Inoue Itsuro
  • 雑誌名: Genome biology and evolution 巻: 10 ページ: 3167-3175
  • DOI: 10.1093/gbe/evy208
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Oligogenic familial hypercholesterolemia, LDL cholesterol, and coronary artery disease. (2018)
  • 著者名/発表者名: Tada Hayato, Kawashiri Masa-aki, Nomura Akihiro, Teramoto Ryota, Hosomichi Kazuyoshi, Nohara Atsushi, Inazu Akihiro, Mabuchi Hiroshi, Tajima Atsushi, Yamagishi Masakazu
  • 雑誌名: Journal of clinical lipidology 巻: 12 ページ: 1436-1444
  • DOI: 10.1016/j.jacl.2018.08.006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exploration of genetic factors determining cleft side in a pair of monozygotic twins with mirror-image cleft lip and palate using whole-genome sequencing and comparison of craniofacial morphology. (2018)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Masahiro、Hosomichi Kazuyoshi、Yamaguchi Tetsutaro、Nagahama Ryo、Yoshida Hiroshi、Mary L. Marazita、Seth M. Weinberg、Maki Koutaro、Atsushi Tajima
  • 雑誌名: Archives of oral biology 巻: 96 ページ: 33-38
  • DOI: 10.1016/j.archoralbio.2018.08.009
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Next-generation sequencing analysis identifies genomic alterations in pathological morphologies: A case of pulmonary carcinosarcoma harboring EGFR mutations. (2018)
  • 著者名/発表者名: Koba Hayato, Kimura Hideharu, Nishikawa Shingo, Sone Takashi, Abo Miki, Hara Johsuke, Hosomichi Kazuyoshi, Tajima Atsushi, Kasahara Kazuo
  • 雑誌名: Lung cancer 巻: 122 ページ: 146-150
  • DOI: 10.1016/j.lungcan.2018.05.026
  • 査読あり
• [雑誌論文] No novel, high penetrant gene might remain to be found in Japanese patients with unknown MODY. (2018)
  • 著者名/発表者名: Horikawa Yukio、Hosomichi Kazuyoshi、Enya Mayumi、Ishiura Hiroyuki、Suzuki Yutaka、Tsuji Shoji、Sugano Sumio、Inoue Itsuro、Takeda Jun
  • 雑誌名: Journal of human genetics 巻: 63 ページ: 821-829
  • DOI: 10.1038/s10038-018-0449-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Whole-genome sequencing in a pair of monozygotic twins with discordant cleft lip and palate subtypes. (2018)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Masahiro、Hosomichi Kazuyoshi、Yamaguchi Tetsutaro、Nagahama Ryo、Yoshida Hiroshi、Maki Koutaro、Mary L. Marazita、Seth M. Weinberg、Atsushi Tajima
  • 雑誌名: Oral diseases 巻: 24 ページ: 1303-1309
  • DOI: 10.1111/odi.12910
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Sustained clonal hematopoiesis by HLA-lacking hematopoietic stem cells without driver mutations in aplastic anemia. (2018)
  • 著者名/発表者名: Imi Tatsuya 、Katagiri Takamasa、Hosomichi Kazuyoshi、Zaimoku Yoshitaka、Viet Hoang Nguyen、Nakagawa Noriharu、Tajima Atsushi、Yoshizato Tetsuichi、Ogawa Seishi、Nakao Shinji
  • 雑誌名: Blood advances 巻: 2 ページ: 1000-1012
  • DOI: 10.1182/bloodadvances.2017013953
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] バイオインフォマティクスを使い倒すために必要なこと (2018)
  • 著者名/発表者名: 細道一善、秋山雅人、岡田随象
  • 雑誌名: 最新醫學 巻: 74 ページ: 171-184
• [雑誌論文] 次世代シークエンサーを用いたMHC領域のシークエンシング (2018)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 雑誌名: 炎症と免疫 巻: 2-6 ページ: 3-7
• [雑誌論文] HLA・KIR遺伝子の次世代シークエンス解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 雑誌名: 遺伝子医学MOOK33号 遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析 病態解明から個別化医療,ゲノム創薬まで 巻: 33 ページ: 97-105
• [学会発表] ゲノム医科学におけるSingle Cell解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 学会等名: 東海医学会講演会
  • 招待講演
• [学会発表] 最新のゲノム解析とその手法 (2019)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 学会等名: 臨床と基礎をつなぐ会 ～循環器のゲノム医療を考える～
  • 招待講演
• [学会発表] NGSによるHLA分子片アレル欠失を示す病態メカニズムの解明 (2018)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 学会等名: 東海医学会講演会
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代シーケンサーによるHLA 遺伝子解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 学会等名: 静岡がんセンター研究所セミナー
  • 招待講演
• [学会発表] 尿酸トランスポーター遺伝子ABCG2のレアバリアントはコモンバリアントと同様に痛風を引きおこす (2018)
  • 著者名/発表者名: 松尾 洋孝, 東野 俊英, 高田 龍平, 中岡 博史, 豊田 優, 清水 聖子, 川口 真, 中山 昌喜, 青柳 有香, 中嶌 真由子, 河村 優輔, 中村 好宏, 若井 建志, 岡田 理恵子, 山本 健, 細道 一善, 市田 公美, 大山 博司, 井ノ上 逸朗, 四ノ宮 成祥
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第63回大会
• [学会発表] 北海道船泊遺跡の高深度縄文人ゲノムから (2018)
  • 著者名/発表者名: 神澤 秀明, ティモシー ジナム, 河合 洋介, 佐藤 丈寛, 細道 一善, 田嶋 敦, 安達 登, 松村 博文, キリル クリュコフ, 斎藤 成也, 篠田 謙一
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第63回大会
• [学会発表] ナノポアシーケンサー MinION を用いた新たな NGS-HLA タイピング法 (2018)
  • 著者名/発表者名: 奥平裕子, 桝屋安里, 朝治桜子, 安藤麻子, 猪子英俊, 細道一善
  • 学会等名: 第27回日本組織適合性学会大会
• [学会発表] 牛白血病感受性 MHC ハプロタイプにおける MHC 分子の発現解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 竹嶋 伸之輔, 岩崎 信太郞, 広瀬 智哉, Wlaa Assi, 細道 一善, 間 陽子
  • 学会等名: 第27回日本組織適合性学会大会
• [学会発表] Loss-of-Function Mutations in HLA-Class I Alleles in Acquire Aplastic Anemia: Evidence for the Involvement of Limited Class I Alleles in the Auto-Antigen Presentation of Aplastic Anemia (2018)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Mizumaki, Kazuyoshi Hosomichi, Tanabe Mikoto, Takeshi Yoroidaka, Tatsuya Imi, Yoshitaka Zaimoku, Kohei Hosokawa, Takamasa Katagiri, Hiroyuki Takamatsu, Tatsuhiko Ozawa, Fumihiro Azuma, Hiroyuki Kishi, Atsushi Tajima, Shinji Nakao
  • 学会等名: 第60回米国血液学会ASH
  • 国際学会
• [学会発表] 次世代シークエンスを用いた IgA腎症の疾患遺伝子探索 (2018)
  • 著者名/発表者名: 塚口裕康、後藤眞、細道一善、成田一衛
  • 学会等名: 第61回日本腎臓学会学術総会 シンポジウム6