| 研究課題/領域番号 |
17KT0028
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
北野 潤 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (80346105)
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| 研究期間 (年度) |
2017-07-18 – 2020-03-31
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| キーワード | 適応進化 / 魚類 / ゲノム / 染色体 |
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| 研究実績の概要 |
まず、全ゲノムリシークエンス配列に基づいて、site frequency spectrumを利用して集団の履歴を推定した。淡水進出年代を推定し、淡水進出年代と遺伝子流動率の異なる複数の集団が確認できた。同じ全ゲノム配列を利用して、ゲノム分化の程度やロングハロタイプ解析などのゲノムスキャンを実施し、適応進化に重要であったと推測されたゲノム領域も同定できた。この領域のうち、異なる淡水集団間で重複しているもの、各集団でユニークなものを同定した。また、ゲノム分化と組換え率に有意な相関が見られるなど、予想通りの結果も得られた。これらの成果のみでも既に論文化が十分な内容であるが、さらにデータを加えるべく、連鎖地図作成とQTL解析、Pacbioシークエンスもいくつかの淡水集団については実施完成した。残りの集団の解析に必要な家系もすでに確立した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の計画通り、ゲノムスキャンと集団履歴の解析は既に完了し、一部の交配家系の連鎖地図作成とQTL解析も完成している。残りの解析に必要な材料もすでに調達できていることから。
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| 今後の研究の推進方策 |
連鎖地図作成とQTL解析を残りの集団について完了する。また、残りの集団についても、染色体構造変化について、PacbioやHi-Cなどを利用して明らかにし、これら成果をまとめて論文執筆に持っていく。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
飼育生物の成長が予測よりも若干遅く、年度末に実験を実施するよりも次年度早々に実施した方がよいと判断されたため。20,464円の残高は、次年度に使用する酵素類に使用する。研究内容自体の変更を伴うものではない。
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