| 研究課題/領域番号 |
18016010
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
石浦 正寛 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 教授 (20132730)
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| 研究分担者 |
小内 清 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 研究員 (00402454)
岡本 和久 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 研究員 (10402455)
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| キーワード | 時系列データ / ネットワーク / 蛋白質相互作用 / 遺伝子発現制御 / 概日時計 / 藍色細菌 / データベース / BRET |
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| 研究概要 |
地球上に生存している生物のほとんどが生物時計を持っている。我々は、原核生物である藍色細菌の時計遺伝子と時計関連遺伝子のクローニングに成功した。
解析の結果これらのタンパク質から構成される生物時計装置には、未知の遺伝子発現制御ネットワークやタンパク質相互作用ネットワークが存在していることが予想された。このようなメカニズムを理解するためには、転写・翻訳・分子間相互作用・代謝などの全てのネットワークを網羅的に解析できる手法が必要である。また、このようなタンパク質の機能や動態を解析するには、タンパク質の物性とリズム表現型との間の相関関係を抽出する手法が有効である。
そのために本研究では以下のことを達成する:
(1)生命現象に関する膨大な量の多次元の時系列データを収集・蓄積し、解析により新規知識を抽出する時系列データ統合解析プログラムの開発
(2)藍色細菌の生物時計装置を中心とした遺伝子発現制御ネットワークの解明
(3)藍色細菌の網羅的なタンパク質間相互作用ネットワーク解析のために、リアルタイムかっin vivoでタンパク質問相互作用を解析できる実験系の開発
<平成18年度の成果>
(1)開発するシステムの仕様を決定し、開発環境を整えた。システムは解析プログラムとデータベースサーバからなる。現在、プロトタイプの作成中である。
(2)既存のシステムより更にハイスループット、あるいは高感度で測定できる生物発光リアルタイム測定装置を開発中であり、19年度初めには試作機が稼働する。これらの装置と上記プログラムを組み合わせることで様々な発光レポーターと形質を持った株を網羅的に測定することが可能になる。
(3)時計タンパク質のBRETと蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)を行うためにドナーとなる複数種の発光タンパク質を整備している。藍色細菌においてBRETを行うため株を作製した。現在はBRET測定のための実験条件を検討中である。
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