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2007 年度 実績報告書

メタボローム解析のための計測技術開発とそれを用いた代謝経路推定

研究課題

研究課題/領域番号 18016028
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

冨田 勝  慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60227626)

研究分担者 西岡 孝明  京都大学, 大学院・農学研究科, 教授 (80026559)
曽我 朋義  慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60338217)
金井 昭夫  慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)
キーワードシステムバイオロジー / メタボローム / 質量分析計
研究概要

CE-TOFMSで計測した2群間のデータから、バイオマーカの候補になり得る顕著な差を検出するメタボローム・ディファレンシャルディスプレイ(2006年度の研究成果)を改良し、大量のデータを高速に処理できるソフトウェアJDAMPを新たに開発した。また、CE-TOFMSの計測データに含まれる離散的なm/zとintensityの値から、精密質量を高精度に計算するソフトウェアも開発し、ほぼ全てのピークのm/z値を理論値から5ppm程度の誤差に収めることができた。基礎代謝物質695について、前年度に最適化した測定条件を用いて標準化合物のQqTOF-MSによる高分解能MS/MS測定をおこない、4510件のマススペクトルを得た。 QqTOF-MSで測定した衝突誘起解裂(CID)スペクトルから得られた主要なproductイオンについて、その化学組成式を推算し、その式からprecursorイオンの化学結合のうち解裂した結合を推定した。さらに、これらの推定に基づいて、大きな断片イオン(precursor ion)から小さな断片イオン(product ion)が生成する関係、すなわちprecursor-productの関係、を表わす解裂スキームを作成した。作成したprecursor-productの関係を実験的に確認するために、いくつかの標準化合物についてIT-MS測定をおこなった。その結果、推定した化学結合と、それに基づくprecursor-productの関係、が正しいことを実験的に証明することができた。

  • 研究成果

    (31件)

すべて 2009 2008 2007

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (26件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] トランスクリプトーム,プロテオーム,メタボローム,フラクソームの統合による大腸菌の代謝解明2008

    • 著者名/発表者名
      石井伸佳
    • 雑誌名

      実験医学 26

      ページ: 24-29

  • [雑誌論文] CheA-CheYpの親和性と大腸菌化学走性における順応誤差の解析2007

    • 著者名/発表者名
      松崎由理
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌:数理モデル化と応用 48

      ページ: 91-97

    • 査読あり
  • [雑誌論文] システムバイオロジーのためのモデリング・シミュレーション環境2007

    • 著者名/発表者名
      櫻田剛史
    • 雑誌名

      情報処理 48

      ページ: 1089-1095

  • [学会発表] E-Cell 3D: 3-dimensional visulization of cellular simulation results2009

    • 著者名/発表者名
      Nozomu Yachie
    • 学会等名
      ISMB/ECCB2007
    • 発表場所
      Wien, Austria
    • 年月日
      2009-07-26
  • [学会発表] eXpanda: an integrated platform for network analysis and visualization2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Nakamura
    • 学会等名
      ISMB/ECCB2007
    • 発表場所
      Wien, Austria
    • 年月日
      2009-07-26
  • [学会発表] MEGU: Pathway mapping web-service based on KEGG and SVG2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa
    • 学会等名
      ISMB/ECCB2007
    • 発表場所
      Wien, Austria
    • 年月日
      2009-07-26
  • [学会発表] Multi-omics analysis and integrative Systems Biology2008

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      Genomes to Systems conference 2008
    • 発表場所
      Manchester, UK
    • 年月日
      2008-03-19
  • [学会発表] Metabolomics and its applications to integrative systems biology2008

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      The 10th International Conference on Molecular Systems Biology (ICMSB 2008)
    • 発表場所
      Manila, Philippines
    • 年月日
      2008-02-27
  • [学会発表] メタボローム解析によるがん診断2008

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      静岡がん会議2007
    • 発表場所
      静岡
    • 年月日
      2008-02-16
  • [学会発表] メタボローム解析と統合システムバイオロジー2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会念会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-13
  • [学会発表] 網羅的ハイスループット解析による大腸菌の遺伝的・環境的変動への応答の観測2007

    • 著者名/発表者名
      石井 伸佳
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] MEGU: KEGG に基づいたオミクスデータのパスウェイ可視化ウェブアブリケーシヨン2007

    • 著者名/発表者名
      河野 暢明
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] インタラクトーム統合解析プラットフォームeXpanda2007

    • 著者名/発表者名
      中村 浩之
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] E-Cell 3D: 細胞シミュレーションデータの三次元可視化2007

    • 著者名/発表者名
      荒川 和晴
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 哺乳類時計遺伝子発振ネットワークの定量的モデリングとシミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      小川 雪乃
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 低酸素に応答したヒト赤血球代謝における解糖系活性化の役割と機構の解析:コンピュータシミュレーションによる予測とメタボロームによる実証2007

    • 著者名/発表者名
      木下 綾子
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] ヒト赤血球代謝シミュレーションモデルを用いた低温保存血液における赤血球代謝動態の予測と解析2007

    • 著者名/発表者名
      西野 泰子
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 単細胞モデルに基づく多細胞組織モデル:肝小葉における組織内遺伝子発現調節のシミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      内藤 泰宏
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] メタボロームプロフアイリングを利用した酵素機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      斎藤 菜摘
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 糸状仮足の数理モデルを用いた神経成長円錐の旋回シミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      藤本 顕士
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] Metabolome Science and Systems Biology2007

    • 著者名/発表者名
      冨田勝
    • 学会等名
      The 7th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      Tokyo, JAPAN
    • 年月日
      2007-11-27
  • [学会発表] メタボロームとシステムズバイオロジーの医療への応用2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      第37回日本免疫学会総会・学術集会
    • 発表場所
      品川
    • 年月日
      2007-11-20
  • [学会発表] メタボローム科学の発展とシステムバイオロジー2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      KAST 財団法人神奈川科学技術アカデミー 平成19年度教育講座
    • 発表場所
      溝の口
    • 年月日
      2007-11-15
  • [学会発表] Multi-omics data-driven systems biology2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      International Society for Computational Biology, Special Interest Group on Biosimulation
    • 発表場所
      Long Beach, USA
    • 年月日
      2007-10-05
  • [学会発表] メタボローム解析とシステムバイオロジーの医療への応用2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      第26回消化器病態生理勉強会
    • 発表場所
      新宿
    • 年月日
      2007-08-04
  • [学会発表] 網羅的ハイスループット解析によって示唆される大腸菌の遺伝的・環境的変動に対する頑強性2007

    • 著者名/発表者名
      戸谷 吉博
    • 学会等名
      第4回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      静岡国民年金健康センター藤枝エミナース
    • 年月日
      2007-07-17
  • [学会発表] Large・scale multi-omics analyses for E. coli systems biology2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      3rd Metabolomics Society Annual Conference
    • 発表場所
      Manchester, UK
    • 年月日
      2007-06-12
  • [学会発表] Multi-omics analysis and data-driven systems biology, E cell2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      The Steering Committee of the 2nd Annual Summit on Systems Biology
    • 発表場所
      Richmond,USA
    • 年月日
      2007-06-05
  • [学会発表] Metabolome analysis and cell simulation2007

    • 著者名/発表者名
      冨田 勝
    • 学会等名
      Systems Biology Workshop - 2007
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2007-05-29
  • [図書] メタボロミクスの医学への応用2007

    • 著者名/発表者名
      曽我朋義
    • 総ページ数
      56-63
    • 出版者
      最新医学社
  • [図書] E coli metabolomics; capturing the complexity of a "simple" model2007

    • 著者名/発表者名
      Martin, R
    • 総ページ数
      189-234
    • 出版者
      Metabolomics-A Powerful Tool in Systems Biology-(vol. 18)

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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