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全必要量の4分の1のDNAフラグメントを用いて、(部分的な)DNA結合部位のライブラリーを作製できることはすでに確認したが、その際低い確率ではあるが、PCR中に塩基の挿入がどうしても起きてしまう。このままでは、実際に使用する際に、動物細胞へ導入される有効な人工転写因子の割合が減少し、したがって、目的の効果を得る確立が減少しまい問題となる。そこで、その負の効果をできるだけ減少させるため、人工転写因子ライブラリー発現ベクター用の改良型のプリカーサーを作製した。また、DNA結合部位のライブラリーの作製に必要なすべてのDNAオリゴマーを用いて、DNA結合部位の完全なライブラリーを作製した。次に、このDNA結合部位のライブラリーを上述の人工転写因子ライブラリー発現ベクター用の改良型プリカーサーに遺伝子組み換えによりクローニングした。得られたライゲーション・サンプルで大腸菌をヒートショック法で形質転換し、選択培地で培養後生成したコロニーから無作為に選んだ数十個のコロニーからそれぞれDNAプラスミドを単離した。得られたクローンの個々の塩基配列をサンガー法により決定したところ、各DNAフラグメントがランダムにアッセンブルされて、狙い通りの人工転写因子ライブラリーができることを確認できた。現在、人工転写因子ライブラリーの動物細胞への導入効率を上げるべく、遺伝子導入効率の最適化を行っているところである。
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