研究課題
本研究では、転写制御の協同性を解析し、以下のような成果を得た。(1)蛋白質・DNA認識の特異性の定量化:まず、蛋白質・DNA複合体の構造データベースの更新を行った。蛋白質・DNA認識は、アミノ酸と塩基に直接相互作用による直接認識とDNAの構造や物性をとおして配列を認識する間接認識とがあるが、それぞれの統計ポテンシャルという量を計算し、蛋白質・DNA相互作用のエネルギー、蛋白質・DNA認識の特異性の計算などを行った。これらの更新にともない、蛋白質・DNA認識の特異性が全体的に高まった。間接認識では、DNAの計算機シミュレーションによるDNAコンフォメーションエネルギーと特異性の計算も行った。(2)転写因子構造ネットワークの解析:蛋白質構造データベース(PDB)に含まれるすべての分子についてお互いの相互作用の関係を解析し、それらの情報を検索・可視化するためのツール、PDBnet、を開発し公開した。これはいわば、構造空間(ストラクチュローム)を鳥瞰図として眺め、個々の分子構造と相互作用ネットワークでの位置づけを俯瞰することができるようになっている。転写因子などの蛋白質とDNAの相互作用ネットワークも含むので、これを用いて、DNAに結合したヘテロな転写因子複合体をすべてリストアップし、、注目する転写因子と相互作用する別の転写因子あるいは補助因子を構造データベースから容易に検索できるようにした。(3)転写因子の協同性と特異性の関係の解析:特異性を定量化する方法と転写因子のヘテロ複合体の構造データを用いて、転写因子の協同性が構造と特異性に及ぼす影響を調べた。(4)転写因子情報のデータベース化とコンテクストの解析:酵母について転写因子と結合サイト、ORFとプロモータなどの情報と付随する構造、機能など、転写制御に関するさまざまな情報を統合したデータベースを構築した。これをもとに、制御領域でのコンテクストの解析をすすめ、遺伝子発現の制御ロジックを考察している。また、転写制御に関する各種データベースや解析ツールなどを集めた転写制御ポータルサイトを作成し公開を始めた。
すべて 2006
すべて 雑誌論文 (4件)
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